More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3210 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  58.99 
 
 
584 aa  723    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  60.41 
 
 
544 aa  685    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  57.88 
 
 
585 aa  720    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  100 
 
 
596 aa  1245    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  59.69 
 
 
586 aa  731    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  60 
 
 
581 aa  701    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  55.1 
 
 
591 aa  677    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  61.39 
 
 
578 aa  733    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  61.39 
 
 
578 aa  733    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  61.39 
 
 
578 aa  733    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  50.18 
 
 
587 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  49.91 
 
 
577 aa  588  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  46.88 
 
 
589 aa  525  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  45.21 
 
 
598 aa  511  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  43.53 
 
 
561 aa  461  9.999999999999999e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  39.42 
 
 
556 aa  446  1.0000000000000001e-124  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  41.74 
 
 
555 aa  437  1e-121  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  41.9 
 
 
568 aa  428  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  41.25 
 
 
559 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.653374 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  40.68 
 
 
559 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  40.68 
 
 
559 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  40.87 
 
 
559 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  40.68 
 
 
559 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  40.68 
 
 
559 aa  405  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  41.99 
 
 
565 aa  405  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0993887 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  35.67 
 
 
586 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  36.55 
 
 
586 aa  382  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  36.54 
 
 
586 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  35.33 
 
 
575 aa  368  1e-100  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  36.28 
 
 
589 aa  361  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  35.39 
 
 
578 aa  361  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  35.07 
 
 
583 aa  359  7e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  33.96 
 
 
583 aa  351  2e-95  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  35.99 
 
 
575 aa  343  4e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  31 
 
 
493 aa  184  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  30.32 
 
 
491 aa  181  4e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  29.52 
 
 
482 aa  177  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  28 
 
 
489 aa  176  9.999999999999999e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  28.88 
 
 
483 aa  167  5e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  27.05 
 
 
492 aa  164  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  27.8 
 
 
508 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  28.11 
 
 
498 aa  163  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  27.13 
 
 
485 aa  163  7e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  27.39 
 
 
663 aa  162  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  28.51 
 
 
493 aa  160  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2914  alpha amylase catalytic region  25.9 
 
 
650 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  28.97 
 
 
492 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  28.91 
 
 
494 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  0.0000350237 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  28.91 
 
 
494 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000218626 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  28.01 
 
 
492 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  28.91 
 
 
494 aa  154  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000722293 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  28.01 
 
 
492 aa  153  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  28.01 
 
 
492 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0218  Alpha amylase, catalytic region  25.19 
 
 
650 aa  151  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3514  alpha amylase, catalytic region  26.11 
 
 
651 aa  150  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.482546  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  26.31 
 
 
645 aa  148  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2611  alpha amylase, catalytic region  25.52 
 
 
650 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  25.37 
 
 
649 aa  147  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  23.06 
 
 
644 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  23.34 
 
 
548 aa  144  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1799  alpha amylase catalytic region  22.95 
 
 
534 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0572  alpha amylase, catalytic region  24.67 
 
 
650 aa  140  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  25.74 
 
 
667 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2935  trehalose synthase  23.54 
 
 
1110 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4392  trehalose synthase  23.09 
 
 
1152 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.21351 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0324  alpha amylase catalytic region  25.33 
 
 
641 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  26.51 
 
 
638 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  26.29 
 
 
646 aa  134  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6321  trehalose synthase  22.64 
 
 
1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0765728  normal  0.0985799 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6822  trehalose synthase  23.24 
 
 
1154 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.615207 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2862  putative trehalose synthase  23.25 
 
 
1154 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  25.76 
 
 
652 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323164 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6087  trehalose synthase  22.64 
 
 
1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0830562  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1331  trehalose synthase-like  22.64 
 
 
1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6498  trehalose synthase  22.64 
 
 
1137 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.388171  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5591  trehalose synthase  22.64 
 
 
1137 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00664495  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  28.03 
 
 
1100 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3921  trehalose synthase  22.26 
 
 
1085 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  23.06 
 
 
1092 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7033  glycoside hydrolase family protein  22.45 
 
 
1138 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160404  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5490  trehalose synthase  22.26 
 
 
1136 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984156  hitchhiker  0.000243022 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1983  alpha amylase domain-containing protein  23.83 
 
 
1098 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3322  alpha amylase catalytic region  26.49 
 
 
672 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2940  trehalose synthase  22.98 
 
 
1088 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00795057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2713  trehalose synthase  22.98 
 
 
1088 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352676 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1567  trehalose synthase/putative maltokinase  22.47 
 
 
1131 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03668  alpha-amylase family protein  22.8 
 
 
1101 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0534  trehalose synthase/putative maltokinase  22.47 
 
 
1131 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1544  alpha-glucosidase  22.47 
 
 
1131 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0621  trehalose synthase/putative maltokinase  22.47 
 
 
1131 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1340  trehalose synthase/putative maltokinase  22.47 
 
 
1131 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0821  alpha amylase family protein  22.47 
 
 
1131 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145364  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  27.34 
 
 
1098 aa  128  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2835  trehalose synthase  22.79 
 
 
1088 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0758325  normal  0.0859996 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  28.37 
 
 
1098 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  26.25 
 
 
643 aa  127  5e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  22.43 
 
 
1100 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1797  Alpha amylase, catalytic region  25.11 
 
 
651 aa  126  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  21.99 
 
 
1100 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1110  trehalose synthase  23.86 
 
 
1102 aa  126  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.531245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>