121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3712 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  100 
 
 		 278 aa  566  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  73.38 
 
 		 278 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  72.66 
 
 		 278 aa  433  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  68.23 
 
 		 280 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  70.76 
 
 		 279 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  67.63 
 
 		 280 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  67.15 
 
 		 280 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  66.79 
 
 		 280 aa  411  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  66.43 
 
 		 281 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  64.62 
 
 		 281 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  64.62 
 
 		 281 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  64.62 
 
 		 281 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  64.62 
 
 		 281 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  63.27 
 
 		 283 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  61.59 
 
 		 276 aa  366  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  57.61 
 
 		 280 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  42.65 
 
 		 280 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  44.6 
 
 		 280 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  41.32 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  41.32 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  41.67 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  41.67 
 
 		 276 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  41.67 
 
 		 276 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  40.97 
 
 		 276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  40.97 
 
 		 276 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 274 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 274 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  42.25 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  43.01 
 
 		 280 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  38.89 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  38.89 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  41.79 
 
 		 279 aa  209  6e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  41.45 
 
 		 277 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  39.43 
 
 		 274 aa  205  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  39.56 
 
 		 277 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  38.57 
 
 		 278 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  41.99 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  39.56 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  38.89 
 
 		 259 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  39.47 
 
 		 295 aa  195  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  36.56 
 
 		 280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  35.71 
 
 		 287 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  32.75 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  46.85 
 
 		 224 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  30.93 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  30.86 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  42.57 
 
 		 289 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  45.32 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  44.22 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  31.1 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  37.42 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  39.74 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  39.74 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  38.75 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  31.03 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  44.3 
 
 		 281 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  44.88 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  42.86 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  29.63 
 
 		 226 aa  57  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  29.61 
 
 		 430 aa  55.8  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  29.37 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  31.01 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.55 
 
 		 327 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  26.21 
 
 		 519 aa  53.9  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  30.07 
 
 		 303 aa  53.9  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  26.88 
 
 		 276 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 318 aa  52.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  26.9 
 
 		 513 aa  52.4  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  27.75 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  27.21 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  27.21 
 
 		 235 aa  51.2  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  29.69 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  27.92 
 
 		 358 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  27.34 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  29.19 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  27.48 
 
 		 225 aa  49.3  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  23.41 
 
 		 396 aa  49.3  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  31.08 
 
 		 261 aa  49.3  0.00007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  24.61 
 
 		 303 aa  48.9  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  26.14 
 
 		 356 aa  48.5  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  28.11 
 
 		 231 aa  48.5  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  30.67 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  27.43 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  25.13 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  24.52 
 
 		 487 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  24.52 
 
 		 487 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  27.01 
 
 		 279 aa  47  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.87 
 
 		 227 aa  46.2  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.27 
 
 		 267 aa  46.2  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.88 
 
 		 569 aa  46.2  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2152  rhomboid-like protein  27.42 
 
 		 279 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0896724  normal  0.106216 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  29.63 
 
 		 209 aa  45.8  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  27.63 
 
 		 371 aa  45.8  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>