179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4720 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  100 
 
 		 670 aa  1383    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  28.29 
 
 		 626 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  30.55 
 
 		 556 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  30.55 
 
 		 556 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  30.55 
 
 		 556 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  30.55 
 
 		 556 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  27.66 
 
 		 618 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  27.66 
 
 		 618 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  33.93 
 
 		 677 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  33.93 
 
 		 652 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  33.93 
 
 		 652 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  33.93 
 
 		 652 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  28.42 
 
 		 551 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  26.57 
 
 		 625 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  27.23 
 
 		 616 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  32.34 
 
 		 541 aa  134  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  32.34 
 
 		 541 aa  134  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  32.34 
 
 		 541 aa  134  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  32.34 
 
 		 541 aa  134  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  32.96 
 
 		 653 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  28.93 
 
 		 810 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  25.98 
 
 		 617 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  26.35 
 
 		 617 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  25.19 
 
 		 626 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  29.34 
 
 		 548 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  29.04 
 
 		 547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  27.21 
 
 		 649 aa  127  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  27.06 
 
 		 560 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  31.16 
 
 		 422 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  26.19 
 
 		 611 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  29.8 
 
 		 547 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  28.51 
 
 		 509 aa  120  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  28.51 
 
 		 572 aa  120  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  30.2 
 
 		 721 aa  120  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  28.47 
 
 		 562 aa  120  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  30.45 
 
 		 614 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  25.1 
 
 		 618 aa  119  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  29.78 
 
 		 554 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  32.67 
 
 		 382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  29.48 
 
 		 630 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 		 599 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 		 599 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  29.03 
 
 		 640 aa  109  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  29.03 
 
 		 640 aa  109  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  29.03 
 
 		 640 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  25.67 
 
 		 733 aa  104  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  22.95 
 
 		 636 aa  103  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  29.32 
 
 		 636 aa  103  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  25.85 
 
 		 662 aa  103  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  25.85 
 
 		 662 aa  103  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  25.85 
 
 		 575 aa  103  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  27.19 
 
 		 552 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  29.54 
 
 		 497 aa  99.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  25.42 
 
 		 640 aa  98.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  27.24 
 
 		 632 aa  98.6  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  27.09 
 
 		 595 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  29.51 
 
 		 782 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  22.95 
 
 		 644 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  30.07 
 
 		 542 aa  92.4  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  24.02 
 
 		 704 aa  91.7  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  27.25 
 
 		 536 aa  91.3  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  25.85 
 
 		 650 aa  87.8  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  30.83 
 
 		 900 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  30.83 
 
 		 900 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  27.07 
 
 		 774 aa  82.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  24.41 
 
 		 791 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 905 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 905 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 905 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 905 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  25.23 
 
 		 905 aa  80.9  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  30.04 
 
 		 651 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5591  integrase catalytic subunit  23.73 
 
 		 715 aa  80.1  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5417  integrase catalytic subunit  23.73 
 
 		 715 aa  80.1  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.751819 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.7 
 
 		 481 aa  77  0.0000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  27.42 
 
 		 785 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  25.29 
 
 		 481 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  27.11 
 
 		 561 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  26.21 
 
 		 902 aa  75.1  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  26.06 
 
 		 468 aa  75.1  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  25.44 
 
 		 710 aa  75.1  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  22.64 
 
 		 480 aa  75.1  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  22.64 
 
 		 480 aa  75.1  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  22.97 
 
 		 782 aa  74.7  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  30.32 
 
 		 902 aa  74.3  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4717  Integrase catalytic region  28.71 
 
 		 749 aa  73.9  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4430  hypothetical protein  28.72 
 
 		 876 aa  73.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0564261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  24.64 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  25.07 
 
 		 560 aa  71.6  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.71 
 
 		 555 aa  72  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  22.2 
 
 		 886 aa  70.9  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0496  integrase  21.52 
 
 		 523 aa  70.1  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.772953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  24.64 
 
 		 749 aa  70.5  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.05 
 
 		 497 aa  69.7  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.05 
 
 		 497 aa  69.7  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.05 
 
 		 497 aa  69.7  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  24.54 
 
 		 560 aa  68.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  21.41 
 
 		 754 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  24.64 
 
 		 663 aa  67.4  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  28.8 
 
 		 581 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>