160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4506 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 560 aa  1119    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  58.27 
 
 		 550 aa  589  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  34.21 
 
 		 554 aa  226  8e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  32.26 
 
 		 556 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  32.09 
 
 		 556 aa  223  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  32.09 
 
 		 556 aa  223  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  32.09 
 
 		 556 aa  223  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  33.84 
 
 		 560 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  34.3 
 
 		 572 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  34.3 
 
 		 562 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  34.35 
 
 		 551 aa  219  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  35.7 
 
 		 509 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  33.27 
 
 		 548 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  35.17 
 
 		 599 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  30.62 
 
 		 630 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  35.17 
 
 		 599 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  28.83 
 
 		 625 aa  206  9e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  28.55 
 
 		 626 aa  201  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  33.56 
 
 		 541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  33.56 
 
 		 541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  33.56 
 
 		 541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  33.56 
 
 		 541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  29.66 
 
 		 595 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  30.15 
 
 		 640 aa  193  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  33.03 
 
 		 547 aa  193  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  29.31 
 
 		 611 aa  192  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  31.23 
 
 		 536 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  33.26 
 
 		 547 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  27.29 
 
 		 618 aa  191  4e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  27.29 
 
 		 618 aa  191  4e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  30.28 
 
 		 632 aa  190  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  33.72 
 
 		 422 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  29.84 
 
 		 640 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  30.3 
 
 		 640 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  30.3 
 
 		 640 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  27.4 
 
 		 616 aa  182  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  32.89 
 
 		 542 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  33.99 
 
 		 382 aa  179  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  31.42 
 
 		 552 aa  177  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  28.26 
 
 		 614 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  27.84 
 
 		 636 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  35.87 
 
 		 497 aa  153  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  24.52 
 
 		 618 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  28.57 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  25.96 
 
 		 649 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  26.87 
 
 		 567 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  26.58 
 
 		 617 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  26.32 
 
 		 617 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  25.43 
 
 		 677 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  26.34 
 
 		 560 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  27.06 
 
 		 581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 		 652 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  25.43 
 
 		 652 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  25.43 
 
 		 652 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  28.2 
 
 		 663 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  28.05 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  31.98 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  28.92 
 
 		 558 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  28.8 
 
 		 558 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.24 
 
 		 636 aa  105  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  30.38 
 
 		 468 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.31 
 
 		 653 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  26.1 
 
 		 677 aa  97.1  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  25.78 
 
 		 650 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  25.56 
 
 		 614 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  25.56 
 
 		 614 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  25.56 
 
 		 614 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  24.7 
 
 		 696 aa  94.7  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  30.89 
 
 		 902 aa  94.4  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  26.94 
 
 		 900 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  26.94 
 
 		 900 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  27.5 
 
 		 721 aa  93.2  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 810 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  26.47 
 
 		 733 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1202  Tn5468, transposase protein B  23.26 
 
 		 722 aa  88.6  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  28.29 
 
 		 497 aa  88.2  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  28.29 
 
 		 497 aa  88.2  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  28.29 
 
 		 497 aa  88.2  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  26.13 
 
 		 725 aa  87.8  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  24.8 
 
 		 717 aa  87.4  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  26.13 
 
 		 728 aa  87  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  27.06 
 
 		 291 aa  86.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2802  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  26.58 
 
 		 721 aa  86.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3198  Tn5468, transposase protein B  26.58 
 
 		 721 aa  86.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.649302  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  25.17 
 
 		 728 aa  85.1  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  22.76 
 
 		 721 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  25.78 
 
 		 902 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  31.91 
 
 		 785 aa  84.7  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.72 
 
 		 743 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7026  Tn7-like transposition protein B  27.01 
 
 		 735 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.314697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  24.86 
 
 		 575 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  24.86 
 
 		 662 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  24.86 
 
 		 662 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  23.84 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  23.84 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  24.16 
 
 		 481 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.78 
 
 		 481 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  25.74 
 
 		 626 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  26.13 
 
 		 672 aa  79  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.67 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>