More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0887 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
263 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.78 
 
 
264 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.07 
 
 
264 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.37 
 
 
264 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  75.67 
 
 
264 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  74.9 
 
 
264 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.52 
 
 
264 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  69.2 
 
 
264 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 
264 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  73.28 
 
 
264 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.2 
 
 
264 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.2 
 
 
264 aa  367  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 
264 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 
264 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.44 
 
 
264 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.06 
 
 
264 aa  363  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.54 
 
 
264 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.63 
 
 
265 aa  319  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  56.65 
 
 
264 aa  301  9e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.3 
 
 
265 aa  297  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  55.13 
 
 
269 aa  295  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  53.26 
 
 
265 aa  290  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.64 
 
 
268 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  52.85 
 
 
265 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.47 
 
 
270 aa  275  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
265 aa  274  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.09 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  36.82 
 
 
260 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  37.69 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
272 aa  175  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
277 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
262 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
262 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
274 aa  158  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
287 aa  158  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
269 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.96 
 
 
281 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
275 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
282 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.91 
 
 
282 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.91 
 
 
282 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
265 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.71 
 
 
275 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
270 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
279 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
268 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
268 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
262 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
275 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
272 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
272 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
268 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
279 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  35.47 
 
 
266 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.05 
 
 
269 aa  148  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.61 
 
 
274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.37 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.23 
 
 
271 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
284 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
262 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
275 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  34.68 
 
 
271 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
268 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  39.91 
 
 
260 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  33.33 
 
 
256 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.09 
 
 
271 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 
272 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  34.94 
 
 
271 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  34.87 
 
 
273 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.87 
 
 
273 aa  142  8e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
596 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.13 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  37.08 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
268 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.12 
 
 
279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  33.48 
 
 
272 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  31.84 
 
 
262 aa  139  6e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
259 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
259 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
259 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  33.33 
 
 
273 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  36.1 
 
 
275 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  38.89 
 
 
275 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>