More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3936 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  80.97 
 
 		 688 aa  1126    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1756  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  77.42 
 
 		 664 aa  1058    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0505797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3636  polysaccharide biosynthesis protein CapD  77.12 
 
 		 664 aa  1062    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  81.15 
 
 		 664 aa  1125    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1131  polysaccharide biosynthesis protein CapD  58.11 
 
 		 671 aa  756    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00726608  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  81.57 
 
 		 669 aa  1137    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  78.95 
 
 		 675 aa  1103    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  62.73 
 
 		 765 aa  781    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1986  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  73.87 
 
 		 670 aa  1030    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23470  nucleotide sugar epimerase/dehydratase WbpM  73.41 
 
 		 665 aa  1029    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000136897  hitchhiker  0.00347476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 670 aa  1358    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1878  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.4 
 
 		 622 aa  900    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.822308  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.3 
 
 		 676 aa  628  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.46 
 
 		 649 aa  622  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.46 
 
 		 646 aa  623  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2244  polysaccharide biosynthesis protein  50.91 
 
 		 644 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36548  normal  0.0653141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.53 
 
 		 646 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  50.23 
 
 		 646 aa  612  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.69 
 
 		 646 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.39 
 
 		 647 aa  600  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.999244  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.33 
 
 		 655 aa  595  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179961  normal  0.331186 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.39 
 
 		 655 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0577  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.9 
 
 		 627 aa  595  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.155394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  49.69 
 
 		 642 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3983  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.15 
 
 		 643 aa  590  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0594  polysaccharide biosynthesis protein  47.79 
 
 		 646 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.23 
 
 		 646 aa  588  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1842  polysaccharide biosynthesis protein CapD type  48.51 
 
 		 684 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1416  polysaccharide biosynthesis protein CapD  50.3 
 
 		 647 aa  580  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2723  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.56 
 
 		 649 aa  571  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3456  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  46.58 
 
 		 635 aa  569  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360155  normal  0.018 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  48.32 
 
 		 662 aa  565  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.35 
 
 		 664 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2635  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.26 
 
 		 682 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3033  polysaccharide biosynthesis protein, putative epimerase/dehydratase  46.95 
 
 		 644 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.97 
 
 		 659 aa  558  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  47.14 
 
 		 621 aa  552  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.54 
 
 		 668 aa  551  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.3 
 
 		 653 aa  549  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.76 
 
 		 628 aa  547  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  48.24 
 
 		 634 aa  545  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0605  polysaccharide biosynthesis protein CapD  47.24 
 
 		 666 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0935812  normal  0.274375 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3389  polysaccharide biosynthesis protein CapD  46.6 
 
 		 630 aa  541  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.52 
 
 		 647 aa  530  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.81 
 
 		 664 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237133  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0371  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.59 
 
 		 604 aa  515  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase transmembrane protein  44.17 
 
 		 665 aa  502  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.029341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4002  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.45 
 
 		 615 aa  499  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0612  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.23 
 
 		 650 aa  495  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.301721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.44 
 
 		 665 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.58 
 
 		 653 aa  465  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0697  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.2 
 
 		 622 aa  465  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0510  epimerase/dehydratase, putative  42.42 
 
 		 622 aa  451  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.798384  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0779  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.49 
 
 		 644 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0514  putative epimerase/dehydratase  42.09 
 
 		 622 aa  445  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1188  nucleotide sugar epimerase/dehydratase  43.78 
 
 		 628 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2850  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.78 
 
 		 655 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2627  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.76 
 
 		 628 aa  429  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2582  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.74 
 
 		 647 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.28 
 
 		 646 aa  422  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1306  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  39.19 
 
 		 635 aa  423  1e-117  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.238436  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  41.81 
 
 		 626 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.23 
 
 		 630 aa  417  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1633  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.06 
 
 		 647 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14281  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  37.5 
 
 		 629 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.68 
 
 		 637 aa  412  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.83 
 
 		 614 aa  410  1e-113  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1871  putative epimerase/dehydratase polysaccharide-related biosynthesis protein  42.09 
 
 		 614 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.09 
 
 		 626 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14131  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane-associated protein  44.18 
 
 		 520 aa  405  1e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.19 
 
 		 644 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.48 
 
 		 607 aa  396  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.57 
 
 		 629 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.04 
 
 		 642 aa  397  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1009  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.26 
 
 		 635 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000685319  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1028  hypothetical protein  39.34 
 
 		 621 aa  390  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0995  hypothetical protein  39.61 
 
 		 621 aa  392  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2281  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.81 
 
 		 630 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.29 
 
 		 613 aa  390  1e-107  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.19 
 
 		 627 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3994  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.77 
 
 		 612 aa  389  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.460388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4081  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.62 
 
 		 612 aa  388  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.44 
 
 		 627 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.19 
 
 		 627 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.19 
 
 		 627 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.07 
 
 		 627 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.81 
 
 		 628 aa  385  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  40.75 
 
 		 603 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.39 
 
 		 625 aa  382  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3780  putative epimerase/dehydratase polysaccharide- related biosynthesis protein  39.84 
 
 		 625 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00473075  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  41.13 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.52 
 
 		 629 aa  382  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.07 
 
 		 651 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1769  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.18 
 
 		 577 aa  377  1e-103  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.07 
 
 		 620 aa  378  1e-103  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  39.49 
 
 		 656 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.3 
 
 		 611 aa  378  1e-103  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1997  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.31 
 
 		 650 aa  377  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.521686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.87 
 
 		 630 aa  379  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.82 
 
 		 638 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>