More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2676 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  64.06 
 
 
573 aa  674  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
582 aa  1160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  62.85 
 
 
582 aa  660  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  62.85 
 
 
582 aa  660  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  63.12 
 
 
610 aa  661  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  59.65 
 
 
583 aa  667  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  87.26 
 
 
581 aa  1011  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  87.09 
 
 
581 aa  1014  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  61.4 
 
 
611 aa  650  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  59.2 
 
 
573 aa  666  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  62.66 
 
 
582 aa  659  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  86.4 
 
 
582 aa  1009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  55.92 
 
 
629 aa  618  1e-176  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  57.19 
 
 
585 aa  615  1e-174  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  57.5 
 
 
592 aa  612  1e-174  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  56.04 
 
 
694 aa  606  1e-172  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  58.04 
 
 
580 aa  591  1e-167  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  57.94 
 
 
586 aa  555  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  48.81 
 
 
602 aa  541  1e-153  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  56.13 
 
 
602 aa  532  1e-150  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  44.57 
 
 
663 aa  477  1e-133  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  49.35 
 
 
531 aa  476  1e-133  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  57.32 
 
 
525 aa  471  1e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  51.53 
 
 
531 aa  463  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  49.18 
 
 
574 aa  460  1e-128  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  48.67 
 
 
577 aa  461  1e-128  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 
678 aa  441  1e-122  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  43.6 
 
 
671 aa  431  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  46.18 
 
 
600 aa  431  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  44.68 
 
 
664 aa  428  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  45.6 
 
 
662 aa  427  1e-118  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  43.59 
 
 
639 aa  422  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  41.78 
 
 
503 aa  405  1e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  403  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 
504 aa  400  1e-110  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  42.07 
 
 
505 aa  402  1e-110  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.88 
 
 
504 aa  399  1e-110  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83656e-05 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  402  1e-110  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  41.2 
 
 
546 aa  400  1e-110  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
505 aa  402  1e-110  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  42.27 
 
 
504 aa  401  1e-110  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.46 
 
 
573 aa  399  1e-110  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  41.26 
 
 
603 aa  400  1e-110  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  42.13 
 
 
498 aa  398  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  43.8 
 
 
651 aa  395  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.35 
 
 
505 aa  387  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  41.14 
 
 
606 aa  385  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  42.14 
 
 
490 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  47.44 
 
 
593 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  40.37 
 
 
523 aa  385  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  38.36 
 
 
516 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.5754e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 
548 aa  381  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  2.12445e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 
548 aa  381  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.77 
 
 
508 aa  378  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  38.36 
 
 
516 aa  376  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  1.0169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  38.36 
 
 
516 aa  376  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  40.27 
 
 
580 aa  376  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  38.36 
 
 
516 aa  377  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  37.92 
 
 
516 aa  375  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.13352e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  40.07 
 
 
637 aa  373  1e-102  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  38.17 
 
 
516 aa  375  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  38.12 
 
 
516 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  38.17 
 
 
516 aa  375  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  40.2 
 
 
494 aa  375  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  37.81 
 
 
530 aa  370  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  37.19 
 
 
532 aa  372  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  38.66 
 
 
516 aa  371  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.51893e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  40.47 
 
 
534 aa  369  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 
698 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.12 
 
 
545 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  37.07 
 
 
516 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.02789e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.16 
 
 
659 aa  365  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01900  choline/carnitine/betaine transport  41.45 
 
 
619 aa  363  3e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.16 
 
 
659 aa  363  3e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  38.48 
 
 
529 aa  362  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 
556 aa  361  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  40.24 
 
 
637 aa  359  7e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 
558 aa  358  1e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  40.68 
 
 
497 aa  358  2e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  39.41 
 
 
506 aa  357  4e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 
667 aa  356  7e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  38.35 
 
 
657 aa  353  6e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  38.92 
 
 
676 aa  351  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  38.46 
 
 
609 aa  351  2e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  41.08 
 
 
535 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  41.06 
 
 
691 aa  350  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  40 
 
 
653 aa  349  9e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  39.33 
 
 
539 aa  348  1e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  41.42 
 
 
671 aa  349  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  40.68 
 
 
666 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  40.89 
 
 
676 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  36.08 
 
 
606 aa  347  4e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  38.05 
 
 
676 aa  347  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  37.69 
 
 
574 aa  346  5e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  38.04 
 
 
606 aa  346  6e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  41.03 
 
 
541 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  40.19 
 
 
676 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>