More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_04020 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  57.12 
 
 		 606 aa  659    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 609 aa  1226    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03700  choline/carnitine/betaine transport  61.05 
 
 		 600 aa  619  1e-176  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  57.79 
 
 		 556 aa  597  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  50 
 
 		 568 aa  531  1e-150  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11170  dephospho-CoA kinase  46.89 
 
 		 789 aa  507  9.999999999999999e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.901477  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  47.21 
 
 		 539 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  43.51 
 
 		 667 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.33 
 
 		 657 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  41.71 
 
 		 545 aa  398  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  42.38 
 
 		 668 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.88 
 
 		 659 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  42.08 
 
 		 659 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 		 660 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 		 661 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.2 
 
 		 685 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  43.14 
 
 		 538 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  39.55 
 
 		 606 aa  388  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  43.39 
 
 		 658 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  43.39 
 
 		 658 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  43.39 
 
 		 658 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  42.56 
 
 		 637 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  43 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  43.2 
 
 		 658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.05 
 
 		 541 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  38.69 
 
 		 673 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  42.74 
 
 		 664 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 		 658 aa  380  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  43.2 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  40.41 
 
 		 661 aa  379  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  38.21 
 
 		 667 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  40.88 
 
 		 667 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  41.63 
 
 		 661 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  37.32 
 
 		 551 aa  373  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  38.21 
 
 		 667 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  42.8 
 
 		 658 aa  375  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  38.21 
 
 		 667 aa  372  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  45.45 
 
 		 662 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  42.07 
 
 		 682 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  37.52 
 
 		 542 aa  368  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  44.22 
 
 		 687 aa  365  1e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  41.59 
 
 		 660 aa  365  1e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 		 698 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  41.01 
 
 		 682 aa  363  6e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  40.89 
 
 		 656 aa  362  1e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  37.35 
 
 		 671 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  38.41 
 
 		 534 aa  361  2e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  36.79 
 
 		 684 aa  360  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  40.39 
 
 		 506 aa  359  8e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.72 
 
 		 646 aa  358  9.999999999999999e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  40.84 
 
 		 691 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  42.98 
 
 		 676 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  41.04 
 
 		 673 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 503 aa  356  6.999999999999999e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  41.04 
 
 		 676 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 		 531 aa  355  8.999999999999999e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.68 
 
 		 661 aa  355  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  38.84 
 
 		 676 aa  355  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  38.45 
 
 		 538 aa  355  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  37.33 
 
 		 664 aa  353  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  41.04 
 
 		 676 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  37.13 
 
 		 664 aa  353  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  36.79 
 
 		 666 aa  353  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  36.6 
 
 		 653 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  42.23 
 
 		 531 aa  352  1e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  40.3 
 
 		 682 aa  352  1e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  33.78 
 
 		 677 aa  351  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  33.78 
 
 		 677 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  37.67 
 
 		 681 aa  351  3e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  38.67 
 
 		 567 aa  349  8e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  34.1 
 
 		 667 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  38.07 
 
 		 610 aa  348  2e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  37.2 
 
 		 494 aa  348  2e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  39.51 
 
 		 535 aa  347  4e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  38.56 
 
 		 523 aa  347  4e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 667 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  39.17 
 
 		 676 aa  346  7e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  39.17 
 
 		 676 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  38.81 
 
 		 550 aa  346  7e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  38.25 
 
 		 508 aa  346  7e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  39.17 
 
 		 716 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  39.17 
 
 		 676 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  39.17 
 
 		 716 aa  346  7e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  37.8 
 
 		 681 aa  346  8.999999999999999e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  41.96 
 
 		 583 aa  345  1e-93  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  38.97 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  40.29 
 
 		 582 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  36.29 
 
 		 544 aa  345  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  38.97 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  40.73 
 
 		 698 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  34.1 
 
 		 667 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 667 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 524 aa  344  2.9999999999999997e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>