More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1237 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1237  patatin  100 
 
 		 393 aa  785    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.880366  normal  0.614167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22060  hypothetical protein  77.04 
 
 		 389 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0545767  hitchhiker  7.20357e-19 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1884  hypothetical protein  77.04 
 
 		 389 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.93068  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1697  patatin  71.13 
 
 		 390 aa  550  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.741172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1328  patatin  72.56 
 
 		 382 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1615  patatin  70.69 
 
 		 394 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.793061  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1736  patatin  70.9 
 
 		 382 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3983  patatin  70.9 
 
 		 382 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251538  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1286  patatin  71.77 
 
 		 382 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3870  patatin family protein  71.13 
 
 		 393 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.838023  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2472  patatin  49.87 
 
 		 408 aa  368  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.797753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1888  hypothetical protein  50.4 
 
 		 380 aa  359  5e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  50.66 
 
 		 381 aa  338  7e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0853  patatin  45.41 
 
 		 382 aa  333  4e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000107118  unclonable  0.000000108981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1761  patatin  47.85 
 
 		 376 aa  320  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3101  patatin  45.72 
 
 		 378 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.480347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2157  patatin  44.85 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128779  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3832  patatin  48.37 
 
 		 418 aa  309  4e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4479  patatin  46.15 
 
 		 425 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3273  patatin  46.73 
 
 		 427 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2756  patatin  40.63 
 
 		 377 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2250  hypothetical protein  48.09 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1160  hypothetical protein  43.54 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2547  patatin  41.05 
 
 		 375 aa  296  4e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1594  patatin-like phospholipase family protein  40.05 
 
 		 383 aa  296  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.845479  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4076  Patatin  47.7 
 
 		 397 aa  296  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1344  patatin  42.63 
 
 		 374 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1409  patatin  42.63 
 
 		 374 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0748735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0168  Patatin  45.31 
 
 		 394 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1397  patatin  42.37 
 
 		 374 aa  292  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0173142  normal  0.188155 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2519  patatin  42.48 
 
 		 374 aa  291  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256378  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0306  hypothetical protein  45.95 
 
 		 391 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3155  hypothetical protein  42.11 
 
 		 374 aa  290  4e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1274  patatin  41.49 
 
 		 376 aa  290  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.534062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2805  Patatin  45.43 
 
 		 410 aa  289  7e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0161  Patatin  44.71 
 
 		 385 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.957782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0978  patatin  46.29 
 
 		 422 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3141  patatin  41.32 
 
 		 375 aa  288  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.133686  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2615  patatin  42.63 
 
 		 374 aa  287  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2859  patatin  42.22 
 
 		 374 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000023249  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2865  patatin  39.84 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.906951  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3005  patatin  41.69 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000873649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1500  Patatin  41.69 
 
 		 374 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109081  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2876  patatin  41.69 
 
 		 374 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000103139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3260  patatin  40.58 
 
 		 375 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1844  patatin  44.9 
 
 		 412 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0365  patatin  42.23 
 
 		 410 aa  276  5e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0673192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2909  patatin  41.24 
 
 		 408 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.255249  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2821  patatin  41.75 
 
 		 408 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.438344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2924  patatin  41.24 
 
 		 408 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.761866 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0605  patatin  41.97 
 
 		 414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2513  Patatin  44.06 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.220838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2426  Patatin  44.06 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.371525  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0441  patatin family phospholipase  41.97 
 
 		 414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0422  patatin family phospholipase  41.97 
 
 		 415 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2295  patatin  41.24 
 
 		 408 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597208  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0395  patatin  41.67 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554522 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2395  patatin  41.47 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6252  patatin  41.75 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.478627 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2958  patatin  41.49 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1434  patatin  43.83 
 
 		 400 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0108  patatin  43.3 
 
 		 422 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0078  patatin  41.51 
 
 		 418 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.767923 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1160  alpha-beta hydrolase family esterase  41.94 
 
 		 400 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1392  patatin  37.56 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0427105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4614  patatin  39.8 
 
 		 408 aa  236  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.758512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1182  Patatin  39.31 
 
 		 416 aa  235  8e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.41454  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0242  patatin  42.28 
 
 		 300 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.314598  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1352  patatin family phospholipase  42.28 
 
 		 300 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.620499  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2722  hypothetical protein  33.16 
 
 		 370 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2853  hypothetical protein  33.16 
 
 		 370 aa  213  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  32.21 
 
 		 421 aa  162  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2155  Patatin  32.45 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2063  Patatin  32.21 
 
 		 419 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.719595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1777  patatin  31.73 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.152361  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4934  Patatin  34.25 
 
 		 429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.791288  normal  0.414026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  29.08 
 
 		 377 aa  94.7  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  28.54 
 
 		 377 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2521  Patatin  28.83 
 
 		 420 aa  89.7  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  26.59 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  29.41 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  28.81 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0073  Patatin  31.28 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.568339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0065  Patatin  31.28 
 
 		 306 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2133  patatin  27.95 
 
 		 410 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  28.93 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  29.22 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4898  putative patatin-like phospholipase  27.31 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0432192 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  27.45 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4797  patatin  26.72 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105547 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5565  patatin  30.13 
 
 		 427 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0703  patatin  27.27 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4937  patatin  30.71 
 
 		 803 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000295709 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6724  patatin  28.35 
 
 		 349 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5552  patatin  28.25 
 
 		 343 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3431  patatin  30.71 
 
 		 803 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.805545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5351  patatin  30.71 
 
 		 803 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.346462  normal  0.119871 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4147  Patatin  26.13 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.649145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  26.29 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5355  Patatin  26.16 
 
 		 382 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.137697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>