More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0065 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0065  Patatin  100 
 
 
306 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0073  Patatin  98.04 
 
 
306 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.568339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  83.22 
 
 
303 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4898  putative patatin-like phospholipase  71.62 
 
 
313 aa  437  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0432192 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  69.8 
 
 
312 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5145  Patatin  61.84 
 
 
294 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.270207  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2789  patatin  62.54 
 
 
308 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  55.32 
 
 
291 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0501  patatin  47.18 
 
 
293 aa  256  3e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2085  patatin  49.24 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4645  patatin  46.3 
 
 
310 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4848  patatin  40.89 
 
 
290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.939066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4153  Patatin  36.36 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279461  normal  0.153113 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2781  Patatin  38.18 
 
 
306 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.874776  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0074  Patatin  35.51 
 
 
283 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7395  patatin  35.29 
 
 
277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2490  Patatin  34.17 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4059  patatin  33.46 
 
 
276 aa  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.447897  normal  0.0897781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3682  patatin  32.28 
 
 
276 aa  105  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  35.51 
 
 
320 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1682  Patatin  38.1 
 
 
317 aa  102  9e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.776672  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0014  patatin  35.13 
 
 
290 aa  100  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6465  patatin  33.08 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1079  Patatin  32.18 
 
 
251 aa  97.8  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0128373  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0262  Patatin  35.57 
 
 
276 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.129262  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  34.9 
 
 
323 aa  97.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0887  patatin  26.87 
 
 
741 aa  96.7  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4861  patatin  29.09 
 
 
332 aa  95.5  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  37.82 
 
 
343 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  35.94 
 
 
345 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2467  patatin  32.41 
 
 
324 aa  92.8  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223605  normal  0.803434 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  33.48 
 
 
322 aa  92.4  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2630  patatin  32.96 
 
 
263 aa  92.4  7e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000390545  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  36.79 
 
 
390 aa  92.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0334  patatin  38.6 
 
 
279 aa  92.4  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.976534  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1691  patatin  32.51 
 
 
318 aa  92.4  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  26.42 
 
 
728 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01780  putative patatin-like phospholipase  25.46 
 
 
740 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1219  patatin  28.26 
 
 
349 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000227608  normal  0.293429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  36.26 
 
 
343 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2802  Patatin  29.89 
 
 
256 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2488  Patatin  29.37 
 
 
262 aa  90.5  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0727  patatin  25.08 
 
 
760 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2141  patatin  29.21 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000481175  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0323  patatin  28.68 
 
 
735 aa  90.1  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000755516  normal  0.0106628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  35.23 
 
 
348 aa  90.1  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2084  Patatin  29.07 
 
 
250 aa  89.7  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1896  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1983  patatin-like phospholipase  30.09 
 
 
358 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00013559  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  35.75 
 
 
347 aa  89.7  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  32.97 
 
 
323 aa  90.1  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2089  patatin  28.76 
 
 
302 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0014749  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3827  Patatin  29.84 
 
 
253 aa  89.4  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306968  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2488  patatin family phospholipase  29.2 
 
 
347 aa  89  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00508161  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2076  patatin  27.88 
 
 
306 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287945  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6020  patatin  27.88 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0050744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2057  patatin  27.88 
 
 
305 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000544738  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2542  patatin family phospholipase  29.2 
 
 
347 aa  89  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0832269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1601  patatin-like phospholipase  29.2 
 
 
306 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000189293  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2629  patatin-like phospholipase  29 
 
 
474 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000046656  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1505  putative exported phospholipase  31.01 
 
 
308 aa  89  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000365604  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2104  patatin-like phospholipase  28.32 
 
 
347 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000214716  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  31.55 
 
 
293 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2124  patatin  28.2 
 
 
311 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0232025  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1058  Patatin  28.36 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  33.16 
 
 
327 aa  88.6  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  34.86 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  29.86 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  29.86 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5366  patatin  27.88 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00588033  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1321  patatin  25 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  29.86 
 
 
333 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  28.07 
 
 
263 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0035  Patatin  30.37 
 
 
330 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.488757  hitchhiker  0.0000189708 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3379  patatin  32.58 
 
 
737 aa  88.2  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1959  patatin  28.32 
 
 
302 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00223857  normal  0.276293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3773  patatin  31.76 
 
 
754 aa  88.2  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  34.86 
 
 
315 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  28.08 
 
 
315 aa  87.8  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  27.27 
 
 
728 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  35.75 
 
 
335 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  32.45 
 
 
323 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1113  Patatin  30.81 
 
 
318 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.344867  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1232  patatin  31.32 
 
 
301 aa  87  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.288587  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  30.81 
 
 
318 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3754  patatin  31.55 
 
 
263 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.517458  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  26.92 
 
 
728 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  27.19 
 
 
263 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  27.19 
 
 
263 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000244848  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0066  alpha-beta hydrolase family esterase  28.87 
 
 
310 aa  85.9  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  30 
 
 
335 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  31.87 
 
 
323 aa  85.9  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  29.95 
 
 
263 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  28.78 
 
 
311 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4514  patatin  26.92 
 
 
751 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0461  Patatin  29.96 
 
 
707 aa  85.1  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  31.91 
 
 
305 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5960  Patatin  33.9 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1211  phospholipase, patatin family  27.63 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000104019  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0435  patatin  27.37 
 
 
751 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00139608  decreased coverage  0.00000000672418 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  29.41 
 
 
263 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>