More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1883 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  100 
 
 
702 aa  1432  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  43.93 
 
 
684 aa  492  1e-137  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  37.35 
 
 
781 aa  460  1e-128  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 
708 aa  458  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  36.88 
 
 
725 aa  453  1e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  36.44 
 
 
670 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 
735 aa  418  1e-115  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  32.64 
 
 
687 aa  308  2e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  31.16 
 
 
711 aa  295  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 
705 aa  251  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 
705 aa  212  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 
702 aa  206  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 
779 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
757 aa  145  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 
700 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 
700 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 
700 aa  89  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 
700 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 
700 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 
700 aa  88.2  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 
700 aa  87  1e-15  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 
733 aa  85.9  2e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
700 aa  86.3  2e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  22.13 
 
 
700 aa  86.3  2e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.18 
 
 
700 aa  86.3  2e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  22.13 
 
 
700 aa  86.3  2e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.89 
 
 
728 aa  81.3  6e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 
746 aa  76.6  1e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  25.12 
 
 
791 aa  76.6  1e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 
698 aa  76.3  2e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  24.63 
 
 
791 aa  75.5  3e-12  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
714 aa  75.1  4e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  26.32 
 
 
705 aa  75.1  5e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  21.64 
 
 
706 aa  74.7  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  21.52 
 
 
706 aa  73.9  9e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  21.5 
 
 
706 aa  73.6  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  22.06 
 
 
715 aa  72.4  2e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.98793e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  22.19 
 
 
727 aa  72.4  2e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  21.5 
 
 
721 aa  72.8  2e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  21.5 
 
 
706 aa  73.2  2e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  22.03 
 
 
707 aa  71.6  4e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 
634 aa  71.2  6e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.2 
 
 
782 aa  70.5  1e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 
715 aa  70.1  1e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0602  TonB-dependent receptor  21.64 
 
 
747 aa  70.1  1e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.520923  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
739 aa  68.2  5e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 
700 aa  68.2  5e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  22.79 
 
 
705 aa  67.8  6e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  21.96 
 
 
776 aa  67.4  8e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  21.77 
 
 
707 aa  67.4  9e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 
681 aa  67.4  9e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23 
 
 
782 aa  66.6  2e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  20.45 
 
 
717 aa  65.5  3e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  21.5 
 
 
715 aa  65.1  4e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  21.65 
 
 
703 aa  64.7  5e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 
770 aa  64.7  5e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.05 
 
 
614 aa  64.3  8e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.49 
 
 
614 aa  63.5  1e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.49 
 
 
614 aa  63.5  1e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
798 aa  63.9  1e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.8092e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
798 aa  63.5  1e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
798 aa  63.5  1e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  27.17 
 
 
798 aa  63.5  1e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 
701 aa  63.5  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  22.01 
 
 
726 aa  63.2  1e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 
736 aa  63.5  1e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.49 
 
 
614 aa  63.5  1e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.49 
 
 
614 aa  63.5  1e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.01627e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.13 
 
 
784 aa  63.9  1e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 
740 aa  63.2  2e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
798 aa  63.2  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.35152e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 
711 aa  62.8  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  21.66 
 
 
726 aa  63.2  2e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  24.06 
 
 
708 aa  62.8  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 
851 aa  63.2  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 
853 aa  63.2  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 
688 aa  62.4  3e-08  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.49 
 
 
614 aa  62.4  3e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  23.02 
 
 
712 aa  62  3e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  21.07 
 
 
692 aa  62.4  3e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  22.54 
 
 
774 aa  62.4  3e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  21.64 
 
 
696 aa  61.6  4e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  21.64 
 
 
696 aa  61.6  4e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 
711 aa  61.6  5e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  22.75 
 
 
703 aa  61.2  6e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.72 
 
 
774 aa  61.2  6e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.19 
 
 
631 aa  61.2  6e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.05264e-06  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 
757 aa  61.2  7e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.95 
 
 
646 aa  61.2  7e-08  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.08252e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  21.09 
 
 
713 aa  60.8  7e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 
798 aa  60.8  8e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.21546e-05  unclonable  2.40632e-10 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 
798 aa  60.8  8e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  4.16662e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 
696 aa  60.8  8e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 
798 aa  60.8  8e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  1.55765e-08 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  23.8 
 
 
775 aa  59.7  2e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 
695 aa  59.3  2e-07  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 
742 aa  59.7  2e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  23.5 
 
 
716 aa  58.9  3e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  33.78 
 
 
742 aa  59.3  3e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  22.01 
 
 
760 aa  59.3  3e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>