235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1778 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1778  lipopolysaccharide ABC export system, permease protein  100 
 
 		 264 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.324664  decreased coverage  0.00255236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0917  hypothetical protein  70.08 
 
 		 264 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1732  hypothetical protein  53.44 
 
 		 263 aa  278  7e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0766  ABC-2 type transporter  43.94 
 
 		 264 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1269  hypothetical protein  43.18 
 
 		 264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0751475 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2171  ABC-2 type transporter  40.15 
 
 		 261 aa  225  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.637351  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0565  ABC-2 type transporter  42.53 
 
 		 263 aa  224  9e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6241  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  44.03 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71960  membrane subunit of A-band LPS efflux transporter  43.56 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5684  hypothetical protein  39.77 
 
 		 265 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.319812  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1386  ABC-2 type transporter  36.78 
 
 		 266 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.823591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0370  putative ABC-2 type transport system permease protein  32.27 
 
 		 255 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4049  hypothetical protein  33.7 
 
 		 272 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.448399  normal  0.5614 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4096  ABC-2 type transporter  33.33 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00286363  normal  0.763291 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3650  ABC-2 type transporter  31.32 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.537314  normal  0.17374 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1761  ABC-2 type transporter  31.08 
 
 		 282 aa  125  5e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.423891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1076  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  29.32 
 
 		 275 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.552725  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0704  O-antigen ABC transporter, permease protein, putative  31.25 
 
 		 258 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3693  ABC-2 type transporter  30.15 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4621  ABC-2 type transporter  26.36 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2397  hypothetical protein  29.59 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0564424  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3924  ABC-2 type transporter  30.19 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.415851 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1363  ABC-2 type transporter  32.02 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.521768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0275  ABC-2 type transporter  30.13 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2314  ABC-2 type transporter  30.08 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3461  ABC-2 type transporter permease protein  27.67 
 
 		 271 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273257  normal  0.0897342 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3031  ABC-2 type transporter  28.9 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3817  ABC-2 type transporter  28.95 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0117338  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0716  hypothetical protein  31.54 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1406  hypothetical protein  26.64 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.23309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15960  ABC-2 transporter, permease component  32.19 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1034  ABC-2 type transporter  27.31 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0650  ABC polysaccharide efflux pump, inner membrane subunit  26.95 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.414968  normal  0.240242 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2516  ABC-2 type transporter  31.2 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.938044 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05410  ABC transporter  30.34 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2581  ABC-2 type transporter  31.06 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0610  hypothetical protein  30.71 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.421452 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3980  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, inner membrane subunit  27.82 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.693027 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4317  ABC-2 type transporter  27.63 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0420  ABC-2 type transporter  28.15 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0495  putative ABC-2 type transport system permease protein  26.1 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0237472  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2538  lipopolysaccharide exporter  26.54 
 
 		 276 aa  109  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.094408  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4137  ABC-2 type transporter  27.07 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000402525 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2173  ABC-2 type transporter  30.09 
 
 		 281 aa  107  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0652138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4002  hypothetical protein  27.17 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0847  polysaccharide ABC transporter, permease  27.44 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0287089  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2027  ABC-2 type transporter  25.66 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.514923  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1646  ABC-2 type transporter  27 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1986  polysaccharide ABC transporter, permease protein, putative  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3160  ABC-2 type transport system integral membrane protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0927  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2757  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.011333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3100  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3137  putative lipopolysaccharide ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.431883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1848  putative polysaccharide ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 		 277 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3894  ABC-2 type transporter  25.75 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0318  ABC-2 type transporter  29.34 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.876594  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1473  ABC-2 type transport system integral membrane protein  28.37 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.851952  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0506  ABC-2 type transporter  28.09 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3799  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, innermembrane subunit  27.27 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0940  ABC-2 type transporter  31.64 
 
 		 267 aa  102  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4945  ABC-2 type transporter  27.65 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4903  ABC-2 type transporter  26.42 
 
 		 278 aa  102  9e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1397  ABC-2 type transporter  26.96 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00114129  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2464  ABC-2 type transporter  27.34 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.114145  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2359  ABC-2 type transporter  25.38 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1504  ABC transporter permease  25.57 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.705016  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1126  ABC transporter permease protein  30.86 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1493  ABC-2 type transporter  29 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.121302  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2268  O-antigen export system permease protein RfbA  29.41 
 
 		 259 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.259861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1227  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  25.59 
 
 		 275 aa  99  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0052  ABC-2 type transporter  26.48 
 
 		 263 aa  98.6  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1065  ABC-2 type transporter  25.77 
 
 		 261 aa  98.6  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.277527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4189  hypothetical protein  25.28 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2462  ABC transporter, inner membrane subunit  28.26 
 
 		 283 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.255904  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2701  ABC-2 type transporter  26.92 
 
 		 274 aa  96.3  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00525634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4589  ABC-2 type transporter  26.82 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.228945  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1588  ABC-2 type transporter  27.59 
 
 		 269 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1748  ABC-2 type transporter  30.13 
 
 		 316 aa  95.5  8e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3132  ABC-2 type transporter  30.63 
 
 		 570 aa  95.5  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0189  ABC-2 type transporter  24.71 
 
 		 273 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.244622 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1405  ABC-2 type transporter  28.94 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.842674  normal  0.590881 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0194  ABC-2 type transporter  24.71 
 
 		 273 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1558  ABC-2 type transporter  25.1 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2803  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3245  ABC-2 type transporter  24.26 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.790565 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0884  ABC-2 type transporter  26.17 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1724  ABC-2 type transporter  26.99 
 
 		 274 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal  0.0420045 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0841  polysaccharide ABC transporter, permease protein  26.34 
 
 		 278 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2410  ABC-2 type transporter  25.76 
 
 		 272 aa  93.2  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00168859  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4205  ABC-2 type transporter  31.09 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.145294 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3089  hypothetical protein  27.21 
 
 		 287 aa  92.4  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.231673  normal  0.368889 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1416  ABC transporter, permease protein  25.42 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5890  ABC-2 type transporter  29.48 
 
 		 310 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.706739  normal  0.557903 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3871  ABC-2 type transporter  25.38 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0595  ABC-2 type transporter  31.6 
 
 		 267 aa  89.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08840  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems, permease component  25.1 
 
 		 296 aa  89.4  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.704211 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0837  ABC transporter of LPS O-antigen, Wzm  21.13 
 
 		 283 aa  89  7e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0813  ABC transporter of LPS O-antigen, Wzm  21.13 
 
 		 283 aa  89  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2771  ABC-2 type transporter  27 
 
 		 277 aa  89  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538359 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>