206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1007 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 412 aa  852    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  92.72 
 
 		 408 aa  788    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  70.62 
 
 		 414 aa  598  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  70.62 
 
 		 414 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  69.21 
 
 		 410 aa  596  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  70.37 
 
 		 414 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  68.95 
 
 		 410 aa  594  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  71.67 
 
 		 410 aa  586  1e-166  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  59.17 
 
 		 401 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  56.17 
 
 		 414 aa  483  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  57.86 
 
 		 442 aa  484  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  58.64 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  58.15 
 
 		 400 aa  480  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  58.39 
 
 		 400 aa  478  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  57.49 
 
 		 404 aa  476  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  59.85 
 
 		 400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  59.85 
 
 		 400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  59.61 
 
 		 400 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  59.61 
 
 		 400 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  59.37 
 
 		 400 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  53.94 
 
 		 423 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 483 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  54.93 
 
 		 406 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  47.58 
 
 		 515 aa  448  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  51.24 
 
 		 506 aa  434  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 414 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  50.36 
 
 		 425 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  49.27 
 
 		 406 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  44.6 
 
 		 425 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  43.07 
 
 		 408 aa  362  6e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  38.46 
 
 		 418 aa  310  2e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  37.72 
 
 		 414 aa  303  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  37 
 
 		 409 aa  282  7.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  36.95 
 
 		 409 aa  280  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  35.58 
 
 		 410 aa  271  1e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  36.53 
 
 		 410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  37.44 
 
 		 411 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  38.08 
 
 		 416 aa  266  4e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  32.62 
 
 		 498 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  34.47 
 
 		 408 aa  254  1.0000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  35.11 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  43.07 
 
 		 537 aa  232  7.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  42.34 
 
 		 517 aa  228  1e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.97 
 
 		 528 aa  223  6e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  32.32 
 
 		 409 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  34.38 
 
 		 414 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  32.3 
 
 		 409 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  32.09 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  32.09 
 
 		 412 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  32.01 
 
 		 412 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  31.39 
 
 		 412 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.38 
 
 		 418 aa  168  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  33.23 
 
 		 467 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.11 
 
 		 414 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  31.39 
 
 		 414 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  32.38 
 
 		 414 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  32.12 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  29.68 
 
 		 417 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  29.75 
 
 		 419 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.83 
 
 		 428 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  28.68 
 
 		 407 aa  152  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  29.21 
 
 		 392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  34.11 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.23 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.57 
 
 		 400 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.57 
 
 		 400 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  31.79 
 
 		 382 aa  143  6e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  28.7 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.97 
 
 		 418 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  29.23 
 
 		 366 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  31.46 
 
 		 399 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.73 
 
 		 400 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  27.45 
 
 		 382 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  29.47 
 
 		 380 aa  136  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  31.58 
 
 		 379 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  27.47 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  28.26 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  27.99 
 
 		 381 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.94 
 
 		 407 aa  133  6.999999999999999e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  31.83 
 
 		 415 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  31.02 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  29.58 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  27.86 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.38 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  30.69 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  29.58 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  27.17 
 
 		 409 aa  131  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  28.12 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  30.98 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  26.44 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  29.01 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  30.81 
 
 		 382 aa  129  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.32 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  25.65 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>