More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene OEOE_1079 on replicon NC_008528
Organism: Oenococcus oeni PSU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
304 aa  619  1e-176  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.55 
 
 
303 aa  376  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.34 
 
 
296 aa  343  2.9999999999999997e-93  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.98 
 
 
296 aa  338  9e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  58.76 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.19 
 
 
312 aa  325  7e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.22 
 
 
301 aa  323  1e-87  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  55.59 
 
 
304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  50.84 
 
 
302 aa  305  7e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.84 
 
 
302 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  50.84 
 
 
302 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  50.84 
 
 
302 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.84 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  52.98 
 
 
302 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  51.83 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  50.5 
 
 
302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  54.9 
 
 
304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  50.5 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  50.5 
 
 
302 aa  302  5.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  52.28 
 
 
302 aa  301  1e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  52.98 
 
 
302 aa  299  4e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  53.79 
 
 
334 aa  299  4e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.8 
 
 
331 aa  296  3e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  53.47 
 
 
305 aa  296  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  53.47 
 
 
304 aa  295  6e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  53.61 
 
 
306 aa  294  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.84 
 
 
305 aa  291  7e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  52.94 
 
 
305 aa  290  2e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  52.94 
 
 
305 aa  290  2e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.85 
 
 
303 aa  286  2e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  49.67 
 
 
306 aa  285  5.999999999999999e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  49.67 
 
 
306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.34 
 
 
306 aa  279  5e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.83 
 
 
309 aa  277  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
300 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  47.18 
 
 
303 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  48.99 
 
 
313 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  47.8 
 
 
313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.99 
 
 
305 aa  268  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.69 
 
 
310 aa  267  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
314 aa  265  1e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  49.32 
 
 
306 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 
300 aa  262  6e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  47.9 
 
 
302 aa  260  2e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.03 
 
 
308 aa  259  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.63 
 
 
312 aa  259  4e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
300 aa  256  3e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  45.02 
 
 
323 aa  256  4e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.52 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
334 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.31 
 
 
313 aa  251  1e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  44.52 
 
 
316 aa  251  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.31 
 
 
329 aa  249  5e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  47.3 
 
 
328 aa  248  9e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  46.32 
 
 
426 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 
323 aa  246  3e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.04 
 
 
318 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  47.37 
 
 
318 aa  245  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.76 
 
 
320 aa  245  8e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47.4 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.3 
 
 
326 aa  243  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.39 
 
 
324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  44.59 
 
 
315 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.75 
 
 
306 aa  242  6e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.08 
 
 
326 aa  242  7e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.55 
 
 
319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.09 
 
 
332 aa  239  5e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.7 
 
 
333 aa  238  6.999999999999999e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  44 
 
 
305 aa  238  9e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.73 
 
 
326 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  43.03 
 
 
351 aa  238  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  45.7 
 
 
339 aa  238  1e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.9 
 
 
319 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  45.07 
 
 
319 aa  236  2e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 
319 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.21 
 
 
319 aa  235  7e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
327 aa  235  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.86 
 
 
343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.61 
 
 
322 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  43.96 
 
 
391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.19 
 
 
344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.62 
 
 
325 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.01 
 
 
326 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.28 
 
 
313 aa  232  6e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  45.17 
 
 
311 aa  232  7.000000000000001e-60  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
377 aa  231  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.09 
 
 
313 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  44.58 
 
 
342 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 
343 aa  230  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  43.79 
 
 
352 aa  230  3e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  42.76 
 
 
318 aa  229  6e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.14 
 
 
318 aa  228  8e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.55 
 
 
340 aa  228  8e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.06 
 
 
347 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.06 
 
 
334 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  42.42 
 
 
319 aa  226  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 
313 aa  227  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.48 
 
 
333 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.67 
 
 
316 aa  227  2e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  45.03 
 
 
346 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>