More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3539 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  85.07 
 
 		 401 aa  641    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  100 
 
 		 402 aa  802    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  68.75 
 
 		 377 aa  508  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  62.28 
 
 		 399 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  65.43 
 
 		 398 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  63.49 
 
 		 399 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.91 
 
 		 446 aa  364  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  53.2 
 
 		 441 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.2 
 
 		 441 aa  365  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.42 
 
 		 385 aa  358  8e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  54.91 
 
 		 384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  52.39 
 
 		 393 aa  352  7e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  53.04 
 
 		 447 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  52.03 
 
 		 378 aa  345  6e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  49.86 
 
 		 406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.48 
 
 		 398 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  49.29 
 
 		 367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  49.16 
 
 		 385 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  49.72 
 
 		 391 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.4 
 
 		 384 aa  310  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  49.59 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 391 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  49.72 
 
 		 391 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  47.38 
 
 		 430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  51.04 
 
 		 397 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  47.07 
 
 		 386 aa  300  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.89 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.48 
 
 		 428 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.09 
 
 		 395 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  43.12 
 
 		 392 aa  292  9e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  45.91 
 
 		 400 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.5 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 		 430 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.46 
 
 		 433 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.27 
 
 		 422 aa  287  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.16 
 
 		 424 aa  286  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.53 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  43.12 
 
 		 405 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  44.51 
 
 		 385 aa  282  9e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  46.85 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  45.62 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  43.3 
 
 		 394 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  44.48 
 
 		 386 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  43.73 
 
 		 401 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  45.53 
 
 		 383 aa  276  7e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.19 
 
 		 384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  45.82 
 
 		 415 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  44.81 
 
 		 381 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  42.51 
 
 		 425 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  43.85 
 
 		 386 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  45.59 
 
 		 409 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  44.67 
 
 		 434 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.43 
 
 		 442 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  43.43 
 
 		 383 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  45.26 
 
 		 400 aa  272  9e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  42.93 
 
 		 405 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  43.95 
 
 		 395 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.5 
 
 		 399 aa  270  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  41.33 
 
 		 386 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  42.22 
 
 		 381 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.24 
 
 		 397 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  43.05 
 
 		 387 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.84 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  41.69 
 
 		 385 aa  269  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  42.4 
 
 		 395 aa  270  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  41.67 
 
 		 379 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  42.13 
 
 		 384 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  41.69 
 
 		 385 aa  269  7e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  44.44 
 
 		 386 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  45.13 
 
 		 412 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  45.65 
 
 		 415 aa  267  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.82 
 
 		 396 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.49 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.42 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  41.42 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  42.48 
 
 		 382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  41.42 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.95 
 
 		 381 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 381 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  41.14 
 
 		 385 aa  265  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  41.14 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.87 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  41.14 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  42.78 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  41.87 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  44.84 
 
 		 383 aa  264  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 379 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  41.26 
 
 		 386 aa  263  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  42.22 
 
 		 382 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  43.18 
 
 		 386 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  45.83 
 
 		 433 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  42.78 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.94 
 
 		 398 aa  262  6.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  46.92 
 
 		 415 aa  262  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  42.2 
 
 		 418 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  42.2 
 
 		 418 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>