More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0033 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  38.65 
 
 
1252 aa  802    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  36.32 
 
 
1225 aa  716    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  79.73 
 
 
1124 aa  1925    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.06 
 
 
609 aa  664    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.96 
 
 
611 aa  655    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.56 
 
 
604 aa  670    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.73 
 
 
604 aa  664    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  38.59 
 
 
1193 aa  787    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  37.26 
 
 
1129 aa  723    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.45 
 
 
609 aa  673    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.72 
 
 
604 aa  680    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  39.72 
 
 
1232 aa  861    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  41.67 
 
 
1174 aa  886    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.73 
 
 
608 aa  666    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.34 
 
 
1131 aa  1203    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.78 
 
 
611 aa  659    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.56 
 
 
608 aa  660    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.13 
 
 
1115 aa  1157    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  36.77 
 
 
1211 aa  694    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  100 
 
 
1124 aa  2303    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.22 
 
 
606 aa  656    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.61 
 
 
611 aa  660    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.74 
 
 
604 aa  641    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  39.53 
 
 
1146 aa  790    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  40.1 
 
 
1212 aa  857    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.1 
 
 
1201 aa  1108    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.71 
 
 
1127 aa  1251    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.62 
 
 
609 aa  673    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  55.46 
 
 
604 aa  714    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  36.36 
 
 
1155 aa  703    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.23 
 
 
604 aa  674    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.17 
 
 
1127 aa  1237    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.94 
 
 
1130 aa  1245    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  54.93 
 
 
1127 aa  1235    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.72 
 
 
1127 aa  1253    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.23 
 
 
604 aa  674    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.76 
 
 
611 aa  672    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.29 
 
 
611 aa  657    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.65 
 
 
637 aa  651    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  50.1 
 
 
542 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  52.45 
 
 
496 aa  507  9.999999999999999e-143  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.9 
 
 
499 aa  500  1e-140  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  51.27 
 
 
531 aa  501  1e-140  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.69 
 
 
499 aa  500  1e-140  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.9 
 
 
499 aa  500  1e-140  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.9 
 
 
499 aa  498  1e-139  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.59 
 
 
510 aa  488  1e-136  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  47.35 
 
 
526 aa  474  1e-132  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.17 
 
 
521 aa  473  1e-132  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.78 
 
 
520 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.21 
 
 
521 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  46.76 
 
 
524 aa  468  9.999999999999999e-131  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.7 
 
 
516 aa  464  1e-129  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.44 
 
 
513 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.44 
 
 
513 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.29 
 
 
518 aa  456  1.0000000000000001e-126  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.37 
 
 
522 aa  448  1.0000000000000001e-124  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.17 
 
 
503 aa  441  9.999999999999999e-123  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  28.94 
 
 
1167 aa  400  1e-109  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  29.35 
 
 
1231 aa  394  1e-108  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  28.27 
 
 
1193 aa  394  1e-108  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  28.74 
 
 
1147 aa  375  1e-102  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  27.62 
 
 
1145 aa  372  1e-101  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.74 
 
 
1217 aa  298  5e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.87 
 
 
1176 aa  281  6e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.02 
 
 
1168 aa  277  1.0000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.7 
 
 
1177 aa  276  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5203  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.7 
 
 
1177 aa  276  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000890566  unclonable  1.148e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  3e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  3e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  3e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  3e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000446144  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0114  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1130 aa  275  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.65239e-57 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  5.000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.59 
 
 
1177 aa  275  5.000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.71 
 
 
1177 aa  275  5.000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.53 
 
 
1229 aa  273  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.97 
 
 
1227 aa  272  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.93 
 
 
1174 aa  269  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0605321 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.19 
 
 
1203 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.36 
 
 
1245 aa  248  6e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.81 
 
 
1246 aa  221  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.05 
 
 
1250 aa  218  5.9999999999999996e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.25 
 
 
1196 aa  217  8e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.13 
 
 
1228 aa  216  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.08 
 
 
1191 aa  216  2.9999999999999995e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.17 
 
 
1238 aa  214  5.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.55 
 
 
1090 aa  213  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.41 
 
 
1202 aa  213  1e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.49 
 
 
1185 aa  213  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.53 
 
 
1202 aa  212  4e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.25 
 
 
1190 aa  211  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.92 
 
 
1141 aa  209  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30 
 
 
1145 aa  210  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  33.47 
 
 
1107 aa  209  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  31.25 
 
 
1070 aa  209  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.1 
 
 
1183 aa  207  9e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.42 
 
 
1115 aa  207  9e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.71 
 
 
1193 aa  207  1e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.1 
 
 
1183 aa  206  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>