More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0260 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  100 
 
 		 224 aa  456  1e-127  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  61.11 
 
 		 226 aa  284  7e-76  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  61.82 
 
 		 224 aa  281  5.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  58.33 
 
 		 224 aa  266  1e-70  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  51.38 
 
 		 234 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  43.95 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  47.98 
 
 		 243 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  42.08 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  41.7 
 
 		 235 aa  168  7e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  42.17 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  38.11 
 
 		 275 aa  158  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  39.91 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  39.07 
 
 		 213 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  40.34 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  35.65 
 
 		 215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  37.22 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  36.07 
 
 		 215 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  35.65 
 
 		 216 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  36.7 
 
 		 213 aa  131  6.999999999999999e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  34.47 
 
 		 324 aa  112  5e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  35.74 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  32.33 
 
 		 330 aa  101  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  31.47 
 
 		 333 aa  100  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  31.47 
 
 		 330 aa  99.4  4e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  31.47 
 
 		 332 aa  98.2  9e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  32.05 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  32.2 
 
 		 348 aa  88.6  6e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  34.47 
 
 		 350 aa  88.2  9e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  30.6 
 
 		 358 aa  87.4  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  30.93 
 
 		 358 aa  85.1  7e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  30.17 
 
 		 407 aa  82.8  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  32.03 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  29.71 
 
 		 358 aa  82  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  31.45 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  29.88 
 
 		 658 aa  80.5  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  30.17 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  28.14 
 
 		 388 aa  79  0.00000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  29.33 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  28.69 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  30.09 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  29.36 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  29.67 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  28.28 
 
 		 322 aa  75.5  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0566  DNA repair protein RadA  30.37 
 
 		 473 aa  73.9  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  27.76 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0360  DNA repair protein RadA  27.03 
 
 		 457 aa  72.4  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  27.35 
 
 		 322 aa  72  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  27.44 
 
 		 453 aa  71.6  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  28.4 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  28.28 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  27.16 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  27.76 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06880  DNA repair protein RadA  29.3 
 
 		 473 aa  65.1  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  27.27 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  31 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4095  DNA repair protein RadA  28.33 
 
 		 452 aa  62.4  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  26.34 
 
 		 448 aa  62  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3279  DNA repair protein RadA  27.35 
 
 		 478 aa  61.6  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  hitchhiker  0.00533763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  27.94 
 
 		 449 aa  61.6  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0603  DNA repair protein RadA  27.6 
 
 		 462 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.981961  normal  0.107382 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0153  recombinase A  30.39 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0616  recombinase A  28.39 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0359  DNA repair protein RadA  27.15 
 
 		 490 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  hitchhiker  0.00589399 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4000  DNA repair protein RadA  28.33 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000405173  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0876  recombinase A  27.8 
 
 		 357 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.395015 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  25.3 
 
 		 348 aa  58.5  0.00000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0599  DNA repair protein RadA  28.63 
 
 		 461 aa  58.5  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.316853  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0366  DNA repair protein RadA  27.23 
 
 		 462 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18348  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1345  recombinase A  29.38 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0958775  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  26.97 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2002  recombinase A  26.87 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1371  recombinase A  29.38 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.150356  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1845  recombinase A  28.44 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  26.29 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  26.5 
 
 		 453 aa  57.4  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2373  recombinase A  28.96 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00420891  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  25.73 
 
 		 343 aa  57  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2047  recombinase A  29.5 
 
 		 343 aa  57  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.161674  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  26.56 
 
 		 343 aa  57  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01590  DNA repair protein RadA  29.52 
 
 		 478 aa  57  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2094  recombinase A  28.09 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0628  recA protein  29.86 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.067585  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  26.64 
 
 		 482 aa  57  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  29.73 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245316  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1669  recombinase A  28.44 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0291  recombinase A  29.66 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000893894  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  27.83 
 
 		 343 aa  57  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1443  DNA repair protein RadA  26.43 
 
 		 454 aa  56.6  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  26.64 
 
 		 486 aa  56.6  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0296  recA protein  28.94 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.197187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1854  DNA repair protein RadA  27.19 
 
 		 443 aa  56.6  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  27.83 
 
 		 343 aa  57  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1324  recombinase A  26.25 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.427425 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0498  DNA repair protein RadA  26.26 
 
 		 446 aa  56.6  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.572608  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  24.02 
 
 		 349 aa  56.2  0.0000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  25.45 
 
 		 451 aa  56.2  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0293  DNA repair protein RadA  24.89 
 
 		 495 aa  56.2  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  27.23 
 
 		 451 aa  56.2  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  24.63 
 
 		 457 aa  56.2  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>