More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2338 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  100 
 
 		 325 aa  664    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  79.63 
 
 		 325 aa  552  1e-156  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  77.43 
 
 		 322 aa  478  1e-134  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  62.1 
 
 		 349 aa  436  1e-121  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  62.83 
 
 		 348 aa  436  1e-121  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  60.88 
 
 		 343 aa  427  1e-119  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  59.71 
 
 		 343 aa  425  1e-118  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  65 
 
 		 324 aa  426  1e-118  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  59.71 
 
 		 343 aa  421  1e-117  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  65.62 
 
 		 327 aa  424  1e-117  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  63.86 
 
 		 325 aa  423  1e-117  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  63.44 
 
 		 407 aa  419  1e-116  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  62.39 
 
 		 329 aa  418  1e-116  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  63.98 
 
 		 324 aa  397  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  51.55 
 
 		 333 aa  323  3e-87  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  51.71 
 
 		 330 aa  322  4e-87  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  49.69 
 
 		 324 aa  322  4e-87  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  52.02 
 
 		 330 aa  322  4e-87  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  51.4 
 
 		 332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  50.47 
 
 		 358 aa  317  1e-85  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  49.06 
 
 		 324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  48.02 
 
 		 388 aa  310  2e-83  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  48.76 
 
 		 358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  47.13 
 
 		 322 aa  293  2e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  48.63 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  48.33 
 
 		 322 aa  288  7e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  48.94 
 
 		 322 aa  288  7e-77  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  48.33 
 
 		 322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  41.69 
 
 		 658 aa  235  6e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  40.51 
 
 		 350 aa  235  6e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  39.75 
 
 		 343 aa  226  4e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  38.84 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  40.75 
 
 		 323 aa  224  1e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  41.02 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  38.12 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  36.91 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  32.09 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  33.95 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  36.33 
 
 		 250 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  29.79 
 
 		 358 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  32.39 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.89 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  31.47 
 
 		 227 aa  94.4  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  31.73 
 
 		 235 aa  86.7  6e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  27.3 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  30.68 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  30.12 
 
 		 221 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  26.72 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  28.51 
 
 		 235 aa  79  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  29.05 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  30.17 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  26.61 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  25.93 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  27.64 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  27.82 
 
 		 224 aa  67  0.0000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  26.18 
 
 		 234 aa  65.9  0.0000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  27.27 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  26.64 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  25.7 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  27.66 
 
 		 554 aa  58.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  25.23 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26240  predicted protein  23.64 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00269696 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0074  recA protein  28.15 
 
 		 344 aa  57  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3557  recA protein  25.11 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  29.8 
 
 		 541 aa  55.1  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  44.44 
 
 		 463 aa  54.7  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  27.73 
 
 		 226 aa  54.3  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_54013  chloroplast-targeted nuclear-encoded recombinase  25.56 
 
 		 431 aa  53.9  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.481805  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0081  recombinase A  27.78 
 
 		 368 aa  53.5  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.449837  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.06 
 
 		 456 aa  52.8  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  24.62 
 
 		 213 aa  52.8  0.000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0945  recombinase A  27.35 
 
 		 349 aa  52.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0972  recombinase A  27.35 
 
 		 349 aa  52.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000464693  normal  0.0586083 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0090  recombinase A  23.48 
 
 		 333 aa  52.4  0.00001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.999196  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1372  recombinase A  25.4 
 
 		 352 aa  51.2  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  25.93 
 
 		 361 aa  51.6  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10720  protein RecA  24.69 
 
 		 361 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000907009  unclonable  0.00000000149755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3106  recA protein  25.11 
 
 		 346 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  25.46 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2432  50S ribosomal protein L32e  43.55 
 
 		 236 aa  51.2  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  25.11 
 
 		 384 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4183  recA protein  28.19 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.888096  normal  0.191355 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02320  RAD57 protein, putative  27.11 
 
 		 598 aa  50.8  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  26.41 
 
 		 356 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3240  recombinase A  25.99 
 
 		 356 aa  50.8  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.245303  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0523  recombinase A  24.11 
 
 		 362 aa  50.8  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000473291  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  26.39 
 
 		 364 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  25.45 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1492  recA protein  27.88 
 
 		 345 aa  50.8  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.211084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  26.39 
 
 		 362 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0841  recombinase A  25.99 
 
 		 353 aa  50.4  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  unclonable  0.0000000182986 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1619  recA protein  24.66 
 
 		 352 aa  50.4  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000177143  hitchhiker  0.0000000069085 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  26.13 
 
 		 358 aa  50.4  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0901  recombinase A  25.99 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.741416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3375  recombinase A  25.99 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376283  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  25.45 
 
 		 352 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0145  recombinase A  26.24 
 
 		 338 aa  50.1  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  27.31 
 
 		 363 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>