More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1386 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  100 
 
 		 388 aa  792    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  51.75 
 
 		 358 aa  324  2e-87  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  51.58 
 
 		 358 aa  323  5e-87  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  50.95 
 
 		 330 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  50.63 
 
 		 330 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  50.63 
 
 		 333 aa  317  2e-85  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  49.05 
 
 		 332 aa  317  3e-85  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  48.02 
 
 		 325 aa  311  2e-83  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  48.24 
 
 		 324 aa  305  7e-82  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  46.3 
 
 		 325 aa  293  5e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  47.52 
 
 		 325 aa  291  2e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  46.95 
 
 		 329 aa  289  6e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  46.11 
 
 		 407 aa  288  8e-77  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  48.09 
 
 		 324 aa  288  2e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  47.53 
 
 		 322 aa  281  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  46.06 
 
 		 324 aa  277  2e-73  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  44.75 
 
 		 327 aa  276  6e-73  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  41.5 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  42.35 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  41.45 
 
 		 348 aa  269  5e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  42.27 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  42.59 
 
 		 322 aa  256  5e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  41.93 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  44.79 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  43.83 
 
 		 322 aa  251  2e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  40.12 
 
 		 343 aa  250  4e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  42.59 
 
 		 322 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  42.59 
 
 		 322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  40.31 
 
 		 350 aa  240  4e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  41.67 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  41.4 
 
 		 343 aa  238  2e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  39.52 
 
 		 365 aa  229  4e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  38.46 
 
 		 658 aa  226  4e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  37.85 
 
 		 323 aa  219  8.999999999999998e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  37.81 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  36.61 
 
 		 315 aa  195  9e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  41.38 
 
 		 250 aa  171  2e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  31.43 
 
 		 311 aa  138  2e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  30.77 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  32.4 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 312 aa  127  5e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  27.89 
 
 		 358 aa  112  8.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  31.43 
 
 		 227 aa  89.7  7e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  30.67 
 
 		 227 aa  87  5e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  32.55 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  26.57 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  31.93 
 
 		 224 aa  82  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  32.38 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  30.53 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  29.41 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  28.14 
 
 		 224 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  28.11 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  24.91 
 
 		 363 aa  76.3  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  31.96 
 
 		 554 aa  74.3  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  30.2 
 
 		 243 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  29.17 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  28.51 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  26.89 
 
 		 225 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  29.96 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  25.5 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  29.59 
 
 		 226 aa  67  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  29.07 
 
 		 215 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  30.23 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  29.07 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1378  recombinase A  25.57 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0217782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  28.19 
 
 		 215 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4033  recA protein  25.57 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  23.39 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  23.39 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  23.55 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  24.6 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  26.03 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  26.5 
 
 		 213 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  25.53 
 
 		 541 aa  58.9  0.0000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  23.14 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  23.79 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  23.79 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  24.89 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  23.79 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  26.51 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  25.85 
 
 		 343 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1324  recombinase A  27.67 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.427425 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0887  recombinase A  27.24 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1109  recombinase A  27.24 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2439  recA protein  25.12 
 
 		 347 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000566681  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26240  predicted protein  26.6 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00269696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0005  recA protein  26.32 
 
 		 355 aa  56.2  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0310986  normal  0.0651314 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0663  recA protein  25.48 
 
 		 346 aa  55.5  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0497  recombinase A  27.88 
 
 		 353 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00187604 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3735  recombinase A  24.6 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  25.82 
 
 		 352 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  27.36 
 
 		 353 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0219  recombinase A  25 
 
 		 333 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3630  recombinase A  24.6 
 
 		 338 aa  54.7  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  23.39 
 
 		 355 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0804  recA protein  26.21 
 
 		 389 aa  54.7  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  24.35 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  24.35 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  26.17 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>