More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2081 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  100 
 
 		 332 aa  676    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  91.87 
 
 		 330 aa  633  1e-180  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  90.96 
 
 		 330 aa  627  1e-179  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  88.59 
 
 		 333 aa  615  1e-175  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  68.94 
 
 		 358 aa  492  9.999999999999999e-139  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  63.87 
 
 		 358 aa  436  1e-121  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  54.55 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  53.4 
 
 		 324 aa  329  3e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  50.47 
 
 		 325 aa  325  9e-88  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  51.78 
 
 		 324 aa  323  3e-87  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  50.15 
 
 		 327 aa  320  9.999999999999999e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  51.4 
 
 		 325 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  49.05 
 
 		 388 aa  315  5e-85  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  50.16 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  52.65 
 
 		 322 aa  309  5e-83  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  46.44 
 
 		 329 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  46.86 
 
 		 407 aa  302  7.000000000000001e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  44.93 
 
 		 349 aa  295  5e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  45.48 
 
 		 348 aa  292  6e-78  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  48.59 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  45.16 
 
 		 343 aa  288  9e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  44.44 
 
 		 343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  44.38 
 
 		 322 aa  278  7e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  45.25 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  41.94 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  45.74 
 
 		 322 aa  275  8e-73  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  44.62 
 
 		 348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  44.03 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  44.55 
 
 		 322 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  43.91 
 
 		 350 aa  263  3e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  44.62 
 
 		 658 aa  259  5.0000000000000005e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  42.67 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  42.15 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  44.58 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  44.13 
 
 		 315 aa  235  8e-61  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  40.45 
 
 		 358 aa  230  2e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  48.07 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  34.95 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  34.19 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2031  Rad51-like protein  34.81 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000738645 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0762  Fis family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0530008 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  32.33 
 
 		 358 aa  126  6e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  34.93 
 
 		 225 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  33.47 
 
 		 243 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  33.62 
 
 		 221 aa  108  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  34.62 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  34.63 
 
 		 227 aa  106  5e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  34.87 
 
 		 224 aa  106  6e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  33.47 
 
 		 224 aa  105  8e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  36.17 
 
 		 235 aa  103  4e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  29.61 
 
 		 351 aa  100  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10145  DNA repair protein (Rad57), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G12520)  39.15 
 
 		 554 aa  99.4  7e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.263483 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  29.5 
 
 		 363 aa  99.4  7e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  31.47 
 
 		 224 aa  98.2  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  30.3 
 
 		 234 aa  97.8  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  33.91 
 
 		 235 aa  96.7  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  31.28 
 
 		 216 aa  95.9  9e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  30.4 
 
 		 215 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  29.52 
 
 		 215 aa  92.8  8e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  31.22 
 
 		 226 aa  88.6  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  32.14 
 
 		 217 aa  87  4e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  29.82 
 
 		 213 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1629  DNA repair and recombination protein RadB  34.58 
 
 		 235 aa  85.9  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.554742  normal  0.462396 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0077  DNA repair and recombination protein RadB  29.52 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  28.02 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  29.38 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  30.64 
 
 		 541 aa  71.2  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0074  recA protein  29.38 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  28.36 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  30.14 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4152  recombinase A  31.6 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17531  recombinase A  30.95 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  unclonable  0.00363576  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16811  recombinase A  30.95 
 
 		 367 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17441  recombinase A  30.95 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.633631  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1654  recombinase A  30.95 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  27.91 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  31.02 
 
 		 363 aa  68.2  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  31.46 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17691  recombinase A  30.95 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.757808  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  30.09 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245316  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0090  recombinase A  27.1 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.999196  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0986  recA protein  27.7 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000028976  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1949  recombinase A  28.57 
 
 		 376 aa  67  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0381  recombinase A  29.95 
 
 		 374 aa  67  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.620471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  29.33 
 
 		 358 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0131  recombinase A  29.09 
 
 		 365 aa  67  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  29.81 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2695  recombinase A  29.11 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.611822  decreased coverage  0.00221105 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4194  recombinase A  29.68 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  29.33 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  30.56 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  27.88 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  32.38 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  28.77 
 
 		 343 aa  65.9  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  31.1 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  31.1 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  30.99 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  29.11 
 
 		 353 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1255  hypothetical protein  29.91 
 
 		 344 aa  65.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000979449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>