More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1854 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1854  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 443 aa  897    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1543  DNA repair protein RadA  58.57 
 
 		 456 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0471  DNA repair protein RadA  57.56 
 
 		 492 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449312 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1432  DNA repair protein RadA  57.14 
 
 		 458 aa  509  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2110  DNA repair protein RadA  56.28 
 
 		 452 aa  511  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.987747  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0864  DNA repair protein RadA  55.9 
 
 		 448 aa  489  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  48 
 
 		 451 aa  385  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  46.96 
 
 		 481 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  46.32 
 
 		 448 aa  382  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  43.69 
 
 		 457 aa  384  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  45.99 
 
 		 457 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  47.2 
 
 		 477 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  46.56 
 
 		 448 aa  380  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  46.73 
 
 		 476 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  46.96 
 
 		 476 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  45.19 
 
 		 453 aa  379  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  46.79 
 
 		 450 aa  378  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  47.14 
 
 		 449 aa  377  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  44.64 
 
 		 453 aa  376  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  43.39 
 
 		 457 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  46.58 
 
 		 477 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  44.32 
 
 		 484 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  46.65 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  43.49 
 
 		 467 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  44.29 
 
 		 454 aa  375  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  44.29 
 
 		 454 aa  375  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 		 478 aa  375  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  44.92 
 
 		 452 aa  374  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  44.6 
 
 		 466 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  46.53 
 
 		 471 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  47.76 
 
 		 483 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  47.29 
 
 		 495 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  46.24 
 
 		 482 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  45.09 
 
 		 450 aa  372  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  43.93 
 
 		 474 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  42.53 
 
 		 458 aa  365  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  45.84 
 
 		 449 aa  367  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  43.49 
 
 		 466 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  43.99 
 
 		 457 aa  368  1e-100  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  42.53 
 
 		 458 aa  366  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  44.63 
 
 		 454 aa  367  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  46.88 
 
 		 448 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  46.84 
 
 		 503 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  47.41 
 
 		 485 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  41.19 
 
 		 453 aa  365  1e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  43.98 
 
 		 457 aa  364  2e-99  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 458 aa  364  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  46.01 
 
 		 499 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  42.56 
 
 		 457 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  42.66 
 
 		 458 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  46.14 
 
 		 486 aa  362  7.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  8e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  8e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  9e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  9e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  9e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  42.3 
 
 		 458 aa  362  9e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  42.92 
 
 		 450 aa  361  1e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  46.67 
 
 		 489 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  40.89 
 
 		 453 aa  360  3e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  43.38 
 
 		 452 aa  360  4e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  41.84 
 
 		 458 aa  359  6e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  46.1 
 
 		 451 aa  358  8e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  41.46 
 
 		 454 aa  358  9.999999999999999e-98  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 470 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  43.4 
 
 		 457 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 		 476 aa  356  3.9999999999999996e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  45.11 
 
 		 460 aa  355  6.999999999999999e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  42.55 
 
 		 457 aa  355  1e-96  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  43.68 
 
 		 464 aa  355  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  44.96 
 
 		 452 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  44.83 
 
 		 455 aa  354  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  44.99 
 
 		 455 aa  354  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  44.5 
 
 		 452 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  43.51 
 
 		 462 aa  353  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  44.5 
 
 		 452 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  46.01 
 
 		 456 aa  352  7e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  40.53 
 
 		 453 aa  351  1e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  43.63 
 
 		 467 aa  351  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  43.63 
 
 		 467 aa  351  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  42.52 
 
 		 459 aa  350  2e-95  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  43.1 
 
 		 448 aa  350  3e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  40.78 
 
 		 458 aa  349  4e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 		 447 aa  349  6e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  43.98 
 
 		 455 aa  348  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  44.21 
 
 		 455 aa  348  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  41.18 
 
 		 454 aa  347  2e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0842  DNA repair protein RadA  42.13 
 
 		 448 aa  347  3e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  43.94 
 
 		 449 aa  347  3e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  43.74 
 
 		 453 aa  346  5e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  44.21 
 
 		 463 aa  346  5e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  41.18 
 
 		 457 aa  345  8e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  43.24 
 
 		 457 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  44.92 
 
 		 465 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  41.12 
 
 		 455 aa  343  4e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  42.56 
 
 		 452 aa  343  4e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0571  DNA repair protein RadA  41.78 
 
 		 494 aa  342  5.999999999999999e-93  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  40.66 
 
 		 451 aa  342  5.999999999999999e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  45.43 
 
 		 455 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>