More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0471 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1543  DNA repair protein RadA  76.97 
 
 		 456 aa  689    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2110  DNA repair protein RadA  71.59 
 
 		 452 aa  654    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.987747  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0471  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 492 aa  979    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449312 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1432  DNA repair protein RadA  70.99 
 
 		 458 aa  634  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1854  DNA repair protein RadA  57.56 
 
 		 443 aa  527  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0864  DNA repair protein RadA  58.76 
 
 		 448 aa  504  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  42.28 
 
 		 457 aa  381  1e-104  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  46.35 
 
 		 474 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  45.09 
 
 		 451 aa  371  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  46.96 
 
 		 450 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  45.33 
 
 		 453 aa  365  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  45.58 
 
 		 453 aa  361  2e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  43.69 
 
 		 476 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  43.69 
 
 		 476 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  44.82 
 
 		 477 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  40.33 
 
 		 453 aa  355  6.999999999999999e-97  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  41.75 
 
 		 455 aa  356  6.999999999999999e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  39.73 
 
 		 448 aa  355  7.999999999999999e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  43.5 
 
 		 481 aa  354  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  46.73 
 
 		 449 aa  353  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  43.09 
 
 		 448 aa  352  7e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  44.87 
 
 		 477 aa  351  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  44.08 
 
 		 478 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  41.22 
 
 		 454 aa  350  3e-95  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  39.72 
 
 		 450 aa  350  4e-95  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  43.46 
 
 		 448 aa  350  5e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  45.23 
 
 		 447 aa  349  6e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  39.53 
 
 		 453 aa  349  7e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  45.2 
 
 		 467 aa  348  9e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  45.39 
 
 		 455 aa  348  1e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  45.65 
 
 		 455 aa  348  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  45.52 
 
 		 455 aa  348  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  40.9 
 
 		 457 aa  347  3e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  41.59 
 
 		 457 aa  347  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  44.86 
 
 		 462 aa  346  5e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  41.9 
 
 		 461 aa  346  6e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  44.84 
 
 		 449 aa  346  6e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  41.49 
 
 		 458 aa  346  7e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  43.46 
 
 		 449 aa  345  7e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  41.1 
 
 		 454 aa  345  1e-93  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  41.88 
 
 		 461 aa  345  1e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  41.74 
 
 		 459 aa  345  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  43.82 
 
 		 453 aa  344  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  43.24 
 
 		 471 aa  343  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01611  DNA repair protein RadA  40.28 
 
 		 450 aa  343  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.821199  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  40.33 
 
 		 466 aa  343  4e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  43.02 
 
 		 450 aa  343  5.999999999999999e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 451 aa  342  7e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  39.29 
 
 		 454 aa  342  7e-93  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01501  DNA repair protein RadA  40.05 
 
 		 450 aa  342  7e-93  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.309187  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  40.61 
 
 		 452 aa  342  8e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  40.49 
 
 		 514 aa  342  1e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  41.72 
 
 		 467 aa  342  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  41.97 
 
 		 459 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  40.49 
 
 		 514 aa  342  1e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  41.76 
 
 		 484 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  41.97 
 
 		 459 aa  340  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3412  DNA repair protein RadA  44.34 
 
 		 475 aa  341  2e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.176098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  45.09 
 
 		 453 aa  341  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  42.43 
 
 		 453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  39.75 
 
 		 520 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  41.96 
 
 		 457 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  42.86 
 
 		 452 aa  340  4e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  42.26 
 
 		 482 aa  340  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  40.92 
 
 		 457 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  42.03 
 
 		 499 aa  340  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  43.11 
 
 		 452 aa  340  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  40.84 
 
 		 457 aa  340  5e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0135  DNA repair protein RadA  39.34 
 
 		 449 aa  339  5.9999999999999996e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0926  DNA repair protein RadA  42.5 
 
 		 455 aa  339  7e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  41.3 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  42.99 
 
 		 457 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  42.49 
 
 		 503 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  41.59 
 
 		 452 aa  338  9.999999999999999e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  42.86 
 
 		 452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  40.92 
 
 		 451 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  45.09 
 
 		 466 aa  337  2.9999999999999997e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01521  DNA repair protein RadA  39.1 
 
 		 450 aa  337  3.9999999999999995e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.268386  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  43.82 
 
 		 470 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  44.7 
 
 		 455 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  44.11 
 
 		 456 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0968  DNA repair protein RadA  42.99 
 
 		 461 aa  337  3.9999999999999995e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000135308  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  43.02 
 
 		 460 aa  336  5e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  41.28 
 
 		 453 aa  336  7e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  39.47 
 
 		 452 aa  335  7.999999999999999e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  41.59 
 
 		 453 aa  335  9e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  38.94 
 
 		 457 aa  335  1e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 		 462 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  40.46 
 
 		 517 aa  335  1e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  42.15 
 
 		 464 aa  333  3e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  42.52 
 
 		 485 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  43.12 
 
 		 454 aa  334  3e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  40.66 
 
 		 495 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  40.79 
 
 		 454 aa  333  5e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  41.71 
 
 		 466 aa  333  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  40.45 
 
 		 483 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  38.94 
 
 		 457 aa  333  5e-90  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  40.79 
 
 		 454 aa  333  5e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4258  DNA repair protein RadA  46.87 
 
 		 485 aa  332  7.000000000000001e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  45.33 
 
 		 452 aa  332  1e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>