More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4258 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0359  DNA repair protein RadA  77.71 
 
 		 490 aa  681    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  hitchhiker  0.00589399 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4258  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 485 aa  931    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  60.86 
 
 		 466 aa  499  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0645  DNA repair protein RadA  62.42 
 
 		 449 aa  500  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0470  DNA repair protein RadA  58.64 
 
 		 472 aa  501  1e-140  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.435063  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0603  DNA repair protein RadA  59.26 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.981961  normal  0.107382 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3412  DNA repair protein RadA  59.6 
 
 		 475 aa  496  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.176098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4466  DNA repair protein RadA  59.87 
 
 		 468 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2711  DNA repair protein RadA  61.89 
 
 		 454 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  58.62 
 
 		 457 aa  489  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0360  DNA repair protein RadA  57.76 
 
 		 457 aa  488  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06880  DNA repair protein RadA  57.77 
 
 		 473 aa  487  1e-136  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35070  DNA repair protein RadA  62.33 
 
 		 454 aa  488  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.876933  normal  0.773163 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0366  DNA repair protein RadA  59.73 
 
 		 462 aa  482  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18348  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0566  DNA repair protein RadA  61.06 
 
 		 473 aa  479  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8361  DNA repair protein RadA  58.99 
 
 		 468 aa  476  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  55.17 
 
 		 453 aa  477  1e-133  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0968  DNA repair protein RadA  55.68 
 
 		 461 aa  474  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000135308  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  54.87 
 
 		 467 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24550  DNA repair protein RadA  57.11 
 
 		 461 aa  466  9.999999999999999e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4269  DNA repair protein RadA  57.97 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.182746 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4999  DNA repair protein RadA  56.67 
 
 		 483 aa  461  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.412289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01590  DNA repair protein RadA  58.09 
 
 		 478 aa  460  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4699  DNA repair protein RadA  58.14 
 
 		 499 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0397  DNA repair protein RadA  59.96 
 
 		 498 aa  451  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3279  DNA repair protein RadA  58.56 
 
 		 478 aa  451  1e-125  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  hitchhiker  0.00533763 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0150  DNA repair protein RadA  58.48 
 
 		 465 aa  448  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627247  normal  0.549694 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0599  DNA repair protein RadA  57.46 
 
 		 461 aa  448  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.316853  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5128  DNA repair protein RadA  54.61 
 
 		 466 aa  436  1e-121  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.764257 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4828  DNA repair protein RadA  54.39 
 
 		 466 aa  433  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4742  DNA repair protein RadA  54.39 
 
 		 466 aa  433  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0228  DNA repair protein RadA  56.05 
 
 		 460 aa  429  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.745621 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13618  DNA repair protein RadA  54.63 
 
 		 480 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.516493 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0864  DNA repair protein RadA  57.7 
 
 		 475 aa  422  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.493178 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 		 448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  48.16 
 
 		 484 aa  390  1e-107  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.33 
 
 		 457 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 454 aa  382  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1747  DNA repair protein RadA  44.91 
 
 		 512 aa  381  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  45.22 
 
 		 448 aa  380  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  44.76 
 
 		 457 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  46.96 
 
 		 462 aa  377  1e-103  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  48.61 
 
 		 462 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 		 445 aa  375  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 464 aa  377  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  46.64 
 
 		 449 aa  375  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0293  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 495 aa  373  1e-102  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 		 456 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  44.15 
 
 		 458 aa  374  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  41.67 
 
 		 454 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  47.06 
 
 		 453 aa  372  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  43.21 
 
 		 514 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  45.03 
 
 		 465 aa  373  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  43.21 
 
 		 514 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  41.67 
 
 		 454 aa  374  1e-102  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  44.15 
 
 		 482 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  47.93 
 
 		 447 aa  371  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  43.49 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  45.83 
 
 		 453 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  45.18 
 
 		 457 aa  371  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  43.49 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  43.05 
 
 		 458 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  45.39 
 
 		 467 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  44 
 
 		 476 aa  369  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  41.78 
 
 		 451 aa  372  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  40.85 
 
 		 454 aa  368  1e-100  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  43.97 
 
 		 461 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  43.49 
 
 		 458 aa  367  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  42.51 
 
 		 520 aa  368  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  44.42 
 
 		 458 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  44.99 
 
 		 453 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  48.12 
 
 		 451 aa  365  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  42.42 
 
 		 453 aa  366  1e-100  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  43.27 
 
 		 458 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0926  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 		 455 aa  365  1e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  43.84 
 
 		 460 aa  364  1e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 		 460 aa  364  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  43.27 
 
 		 481 aa  364  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  41.09 
 
 		 457 aa  363  3e-99  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 		 456 aa  363  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  47.32 
 
 		 450 aa  363  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 		 466 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  47.14 
 
 		 456 aa  363  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  41.1 
 
 		 451 aa  363  4e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  45.12 
 
 		 455 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>