More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3485 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 474 aa  941    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  63.06 
 
 		 467 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  63.09 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  64.95 
 
 		 464 aa  595  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  64.04 
 
 		 467 aa  591  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  63.28 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  63.28 
 
 		 466 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  64.04 
 
 		 467 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  66.11 
 
 		 499 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  64.21 
 
 		 457 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  66.81 
 
 		 483 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  64.77 
 
 		 485 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  67.25 
 
 		 495 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  64.83 
 
 		 482 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  65.07 
 
 		 455 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  69.12 
 
 		 486 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  64.84 
 
 		 469 aa  568  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  66.38 
 
 		 503 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  67.25 
 
 		 477 aa  569  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  64.47 
 
 		 478 aa  565  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  64.77 
 
 		 477 aa  565  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  64.5 
 
 		 481 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  63.76 
 
 		 455 aa  561  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  65.07 
 
 		 452 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  64.84 
 
 		 476 aa  561  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  65.28 
 
 		 452 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  65.94 
 
 		 462 aa  561  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  65.07 
 
 		 452 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  64.84 
 
 		 476 aa  561  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  67.36 
 
 		 458 aa  551  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  64.38 
 
 		 454 aa  539  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  64.84 
 
 		 454 aa  537  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  65.9 
 
 		 470 aa  538  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  65.74 
 
 		 471 aa  530  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  59.65 
 
 		 453 aa  529  1e-149  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  62.71 
 
 		 489 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  63.51 
 
 		 460 aa  520  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 455 aa  508  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  60.43 
 
 		 469 aa  508  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  58.3 
 
 		 466 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  58.44 
 
 		 455 aa  488  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  52.18 
 
 		 450 aa  477  1e-133  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 450 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  48.31 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  54.31 
 
 		 450 aa  443  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  54.55 
 
 		 449 aa  443  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  52.06 
 
 		 450 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  54.25 
 
 		 453 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  51.2 
 
 		 484 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  52.13 
 
 		 452 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 454 aa  436  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  51.11 
 
 		 455 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  52.33 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  51.44 
 
 		 453 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  51.12 
 
 		 453 aa  431  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  52.97 
 
 		 462 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  51.15 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  50.77 
 
 		 482 aa  429  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  51.22 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  51.03 
 
 		 451 aa  430  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  51.14 
 
 		 451 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 451 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  51.22 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 455 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  51 
 
 		 456 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  44.52 
 
 		 457 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 455 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  50.93 
 
 		 476 aa  427  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  50.78 
 
 		 456 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  425  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  425  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 477 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  51.24 
 
 		 448 aa  424  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.93 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  48.39 
 
 		 481 aa  425  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  50.78 
 
 		 456 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  50.47 
 
 		 447 aa  418  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  48.55 
 
 		 461 aa  419  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  46.93 
 
 		 451 aa  421  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  50.46 
 
 		 453 aa  419  1e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  49.66 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  47.76 
 
 		 482 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  49.66 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  51.15 
 
 		 448 aa  416  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 489 aa  417  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  52.36 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  46.93 
 
 		 457 aa  415  9.999999999999999e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0651  DNA repair protein RadA  53.9 
 
 		 449 aa  417  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  52.36 
 
 		 452 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>