More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_2129 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 454 aa  932    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  72.03 
 
 		 453 aa  691    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  77.09 
 
 		 453 aa  728    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  62.83 
 
 		 458 aa  600  1e-170  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  62.31 
 
 		 457 aa  593  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  62.5 
 
 		 455 aa  591  1e-168  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  62.14 
 
 		 461 aa  577  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  62.01 
 
 		 457 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  57.46 
 
 		 463 aa  526  1e-148  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  55.31 
 
 		 461 aa  516  1.0000000000000001e-145  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  47.61 
 
 		 453 aa  461  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  48.91 
 
 		 457 aa  457  1e-127  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 		 449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  49.42 
 
 		 458 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  49.19 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.72 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  48.49 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 		 484 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  45.51 
 
 		 448 aa  434  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  46.61 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  46.12 
 
 		 450 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  45.61 
 
 		 449 aa  424  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  46.55 
 
 		 451 aa  424  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  46.26 
 
 		 448 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 453 aa  419  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  46.48 
 
 		 470 aa  419  1e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  47.39 
 
 		 459 aa  421  1e-116  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  44.35 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  47.38 
 
 		 454 aa  412  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 467 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  44.08 
 
 		 450 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  44.99 
 
 		 457 aa  411  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  46.35 
 
 		 466 aa  411  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  44.84 
 
 		 465 aa  410  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  42.67 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  43.39 
 
 		 460 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  45.61 
 
 		 452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  44.84 
 
 		 489 aa  405  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  46.51 
 
 		 454 aa  408  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  46.51 
 
 		 454 aa  408  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 		 459 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  42.54 
 
 		 507 aa  403  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  42.48 
 
 		 453 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 		 459 aa  402  1e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  42.2 
 
 		 451 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  44.32 
 
 		 466 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  44.59 
 
 		 457 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  45.43 
 
 		 449 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 454 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  42.42 
 
 		 455 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  43.17 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  43.89 
 
 		 466 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  45.28 
 
 		 464 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  42.44 
 
 		 517 aa  400  9.999999999999999e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  41.65 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  42.2 
 
 		 455 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  42.52 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  41.43 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  43.08 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  42.73 
 
 		 455 aa  397  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 514 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  44.15 
 
 		 458 aa  396  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  44.23 
 
 		 459 aa  395  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  42.89 
 
 		 514 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  43.74 
 
 		 452 aa  398  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  43.39 
 
 		 459 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  43.65 
 
 		 447 aa  392  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  43.6 
 
 		 476 aa  392  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  46.27 
 
 		 445 aa  394  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 		 448 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  40.74 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  43.86 
 
 		 464 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  40.95 
 
 		 518 aa  394  1e-108  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  40.48 
 
 		 456 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  43.26 
 
 		 467 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  40.48 
 
 		 456 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  42.92 
 
 		 452 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  43.61 
 
 		 459 aa  391  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  42.57 
 
 		 451 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  44.01 
 
 		 462 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  42.92 
 
 		 452 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  43.52 
 
 		 461 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  42.57 
 
 		 451 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  40.6 
 
 		 477 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 460 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  42.45 
 
 		 453 aa  388  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>