More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1786 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 454 aa  924    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  60.71 
 
 		 457 aa  557  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 484 aa  555  1e-157  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  55.58 
 
 		 453 aa  531  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  529  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  529  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  528  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  529  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  57.95 
 
 		 458 aa  531  1e-149  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  529  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  57.83 
 
 		 458 aa  530  1e-149  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 458 aa  531  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  56.46 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  57.02 
 
 		 454 aa  518  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  57.02 
 
 		 454 aa  518  1e-146  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  54 
 
 		 457 aa  518  1e-146  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  54.85 
 
 		 452 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  55.7 
 
 		 453 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  53.54 
 
 		 460 aa  514  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  56.44 
 
 		 449 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  56.42 
 
 		 457 aa  511  1e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  54.97 
 
 		 449 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  53.96 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  53.44 
 
 		 450 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  54.65 
 
 		 446 aa  496  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  53.98 
 
 		 448 aa  496  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  51.74 
 
 		 459 aa  491  9.999999999999999e-139  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  52.76 
 
 		 448 aa  491  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  53.66 
 
 		 454 aa  489  1e-137  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  53.42 
 
 		 450 aa  491  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  54.39 
 
 		 452 aa  490  1e-137  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  53.22 
 
 		 451 aa  487  1e-136  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  55.32 
 
 		 453 aa  485  1e-136  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  52.94 
 
 		 457 aa  481  1e-134  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  53.32 
 
 		 489 aa  478  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 		 462 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 		 470 aa  469  1.0000000000000001e-131  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 		 453 aa  465  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  51.92 
 
 		 520 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 		 462 aa  461  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 514 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  50.87 
 
 		 476 aa  464  1e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 		 453 aa  464  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 514 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  49.55 
 
 		 452 aa  463  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  53.95 
 
 		 471 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  49.55 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  52.69 
 
 		 465 aa  456  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  49.46 
 
 		 462 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 		 453 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  50.21 
 
 		 507 aa  453  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  48.45 
 
 		 517 aa  454  1.0000000000000001e-126  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  53.66 
 
 		 460 aa  451  1e-125  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  51.35 
 
 		 445 aa  450  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 		 462 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 458 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  48.05 
 
 		 463 aa  449  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  48.88 
 
 		 451 aa  450  1e-125  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  49.11 
 
 		 457 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 		 456 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 455 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 		 466 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 451 aa  443  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 451 aa  443  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 458 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  53.41 
 
 		 415 aa  442  1e-123  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  50.47 
 
 		 452 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 453 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 456 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 458 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  48.91 
 
 		 458 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 		 456 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  50.47 
 
 		 452 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  48.62 
 
 		 467 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  46.54 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  46.29 
 
 		 518 aa  441  9.999999999999999e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 451 aa  441  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0157  DNA repair protein RadA  53.6 
 
 		 408 aa  439  9.999999999999999e-123  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 		 462 aa  436  1e-121  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 455 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  49.11 
 
 		 478 aa  436  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  47.4 
 
 		 463 aa  437  1e-121  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  50.12 
 
 		 453 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 458 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  49.07 
 
 		 457 aa  433  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 456 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  50.12 
 
 		 453 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>