More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03370 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  80.87 
 
 		 460 aa  777    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  77.61 
 
 		 460 aa  750    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  80.43 
 
 		 460 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  80.22 
 
 		 460 aa  771    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  73.52 
 
 		 454 aa  697    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  79.61 
 
 		 461 aa  761    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1226  DNA repair protein RadA  73.3 
 
 		 454 aa  694    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1148  DNA repair protein RadA  73.09 
 
 		 454 aa  693    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0384904 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0981  DNA repair protein RadA  74.12 
 
 		 454 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.188403 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1922  DNA repair protein RadA  92.81 
 
 		 459 aa  857    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000667281  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3589  DNA repair protein RadA  77.87 
 
 		 461 aa  711    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36569  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  80.43 
 
 		 460 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3219  DNA repair protein RadA  73.09 
 
 		 454 aa  694    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3470  DNA repair protein RadA  79.18 
 
 		 461 aa  730    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  67.83 
 
 		 458 aa  652    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3358  DNA repair protein RadA  73.09 
 
 		 454 aa  693    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.918494 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  98.04 
 
 		 459 aa  928    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0449  DNA repair protein RadA  77.66 
 
 		 460 aa  722    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0204936  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 459 aa  941    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3219  DNA repair protein RadA  73.09 
 
 		 454 aa  693    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  90.41 
 
 		 459 aa  872    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  71.71 
 
 		 454 aa  667    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1035  DNA repair protein RadA  72.27 
 
 		 458 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  80.43 
 
 		 460 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  77.61 
 
 		 461 aa  745    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  71.12 
 
 		 454 aa  677    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  77.61 
 
 		 460 aa  750    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  75 
 
 		 458 aa  713    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1045  DNA repair protein RadA  73.3 
 
 		 454 aa  696    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.665867  normal  0.0445974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1110  DNA repair protein RadA  73.3 
 
 		 454 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  77.61 
 
 		 460 aa  750    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  71.55 
 
 		 455 aa  696    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0546  DNA repair protein RadA  77.66 
 
 		 460 aa  724    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  80.43 
 
 		 460 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  73.3 
 
 		 454 aa  696    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357607 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  81.09 
 
 		 460 aa  779    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3659  DNA repair protein RadA  68.25 
 
 		 462 aa  633  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.217436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  65.65 
 
 		 458 aa  627  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  61.35 
 
 		 455 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  60.95 
 
 		 455 aa  600  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  61.57 
 
 		 453 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  61.57 
 
 		 453 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  60.74 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  61.95 
 
 		 457 aa  596  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 456 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  61.22 
 
 		 453 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  60.7 
 
 		 477 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 456 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 456 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  60.04 
 
 		 453 aa  580  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  58.5 
 
 		 451 aa  558  1e-158  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  58.5 
 
 		 451 aa  558  1e-157  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  58.66 
 
 		 464 aa  553  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  60 
 
 		 457 aa  551  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4000  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 		 452 aa  552  1e-156  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000405173  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 447 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4095  DNA repair protein RadA  57.49 
 
 		 452 aa  548  1e-155  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  59.43 
 
 		 448 aa  548  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  58.86 
 
 		 458 aa  546  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  59.12 
 
 		 451 aa  539  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  57.52 
 
 		 450 aa  536  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  57.74 
 
 		 450 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  55.82 
 
 		 463 aa  527  1e-148  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  55.82 
 
 		 463 aa  527  1e-148  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1778  DNA repair protein RadA  57.11 
 
 		 460 aa  519  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  54.64 
 
 		 482 aa  519  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  55.17 
 
 		 481 aa  519  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  55.77 
 
 		 453 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  55.43 
 
 		 456 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  54.85 
 
 		 482 aa  514  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 453 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  56.03 
 
 		 458 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  55.6 
 
 		 458 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  57.89 
 
 		 450 aa  495  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  55.12 
 
 		 458 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  55.99 
 
 		 458 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  55.41 
 
 		 472 aa  497  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  55.12 
 
 		 455 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  55.39 
 
 		 458 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  55.6 
 
 		 458 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  54.96 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0651  DNA repair protein RadA  55.56 
 
 		 449 aa  493  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  55.17 
 
 		 458 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  55.73 
 
 		 456 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  55.73 
 
 		 456 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  54.96 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>