More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2817 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 452 aa  910    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 452 aa  910    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 462 aa  507  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  58.09 
 
 		 451 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  58.31 
 
 		 453 aa  501  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  60 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  59.53 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  55.51 
 
 		 455 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  56.73 
 
 		 456 aa  488  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  57.04 
 
 		 451 aa  488  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  57.04 
 
 		 451 aa  488  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  59.58 
 
 		 453 aa  491  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  58.95 
 
 		 447 aa  487  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 455 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  58.84 
 
 		 458 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  55.75 
 
 		 453 aa  485  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  55.53 
 
 		 453 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 455 aa  482  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 458 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  57.85 
 
 		 455 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  59.02 
 
 		 457 aa  482  1e-135  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  58.6 
 
 		 458 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  55.53 
 
 		 453 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  58.6 
 
 		 458 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  58.6 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 458 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  53.01 
 
 		 482 aa  479  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  54.63 
 
 		 477 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  54.07 
 
 		 456 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  57.11 
 
 		 450 aa  477  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  58.74 
 
 		 450 aa  478  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  50.94 
 
 		 482 aa  478  1e-133  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  53.85 
 
 		 456 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  54.07 
 
 		 456 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  53.12 
 
 		 481 aa  477  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  55.46 
 
 		 458 aa  475  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  57.51 
 
 		 448 aa  475  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  54.23 
 
 		 464 aa  475  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  57.94 
 
 		 456 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  57.67 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  54.65 
 
 		 453 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  52.13 
 
 		 450 aa  472  1e-132  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  52.67 
 
 		 460 aa  473  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  56.42 
 
 		 454 aa  472  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 		 456 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  55.72 
 
 		 465 aa  471  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  56.85 
 
 		 472 aa  473  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  58.88 
 
 		 456 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  57.24 
 
 		 476 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  52.13 
 
 		 450 aa  470  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  53.83 
 
 		 463 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  53.83 
 
 		 463 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  57.44 
 
 		 457 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  56.64 
 
 		 460 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  56.64 
 
 		 460 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  58.1 
 
 		 452 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  55.81 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  53.13 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  58.33 
 
 		 456 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  56.98 
 
 		 475 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  54.9 
 
 		 484 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1778  DNA repair protein RadA  56.35 
 
 		 460 aa  459  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  57.28 
 
 		 471 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  56.71 
 
 		 459 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  53.74 
 
 		 453 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 455 aa  458  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 		 458 aa  456  1e-127  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 459 aa  455  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  56.73 
 
 		 459 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  51.87 
 
 		 459 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  51.21 
 
 		 459 aa  455  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  51.74 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  54.67 
 
 		 454 aa  458  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  50.47 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  51.99 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  55.84 
 
 		 455 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  52.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 		 461 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  51.99 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  51.34 
 
 		 452 aa  451  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  53.74 
 
 		 460 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  53.97 
 
 		 460 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  53.97 
 
 		 460 aa  450  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>