More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0729 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  79.65 
 
 		 467 aa  739    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  74.24 
 
 		 457 aa  691    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  87.31 
 
 		 466 aa  823    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  84.15 
 
 		 466 aa  823    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  87.31 
 
 		 466 aa  825    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  79.65 
 
 		 467 aa  739    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  77.56 
 
 		 462 aa  679    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  78.88 
 
 		 464 aa  743    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 467 aa  947    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  67.91 
 
 		 482 aa  615  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  68.71 
 
 		 486 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  67.83 
 
 		 495 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  67.17 
 
 		 485 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  69.86 
 
 		 499 aa  599  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  67.61 
 
 		 483 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  69.93 
 
 		 477 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  66.52 
 
 		 477 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  69.39 
 
 		 503 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  63.06 
 
 		 474 aa  592  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 		 481 aa  588  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 		 476 aa  588  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  66.45 
 
 		 476 aa  587  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  68.66 
 
 		 478 aa  587  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  67.44 
 
 		 470 aa  570  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  65.32 
 
 		 471 aa  566  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  66.96 
 
 		 489 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  61.95 
 
 		 455 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  62.09 
 
 		 455 aa  541  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  61.37 
 
 		 452 aa  534  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  61.81 
 
 		 452 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  61.37 
 
 		 452 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  63.47 
 
 		 454 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  63.05 
 
 		 458 aa  524  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  58.31 
 
 		 453 aa  521  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  58.99 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  63.97 
 
 		 454 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  56.55 
 
 		 460 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  57.21 
 
 		 455 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  55.92 
 
 		 455 aa  474  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  51.12 
 
 		 450 aa  462  1e-129  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 466 aa  464  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  57.02 
 
 		 469 aa  459  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  50.82 
 
 		 450 aa  457  1e-127  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  49.88 
 
 		 450 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  52.15 
 
 		 452 aa  453  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  52.42 
 
 		 484 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  48.62 
 
 		 454 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  52.32 
 
 		 462 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  51.27 
 
 		 450 aa  432  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  53.02 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  46.04 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  51.51 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 452 aa  426  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  52.9 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 		 454 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  48.39 
 
 		 482 aa  426  1e-118  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 		 454 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  51.38 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  50.12 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  50.58 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  50.82 
 
 		 449 aa  422  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50.81 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  46.85 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 455 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  47.72 
 
 		 461 aa  421  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 455 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  50.45 
 
 		 456 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 		 455 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 458 aa  421  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  50.7 
 
 		 451 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  48.87 
 
 		 470 aa  421  1e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  50.12 
 
 		 450 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  49.19 
 
 		 457 aa  417  9.999999999999999e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 463 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  47.18 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 		 453 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 463 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 		 457 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  48.85 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  49.53 
 
 		 453 aa  415  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 465 aa  413  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  49.07 
 
 		 447 aa  412  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  48.13 
 
 		 482 aa  412  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 454 aa  412  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  48.05 
 
 		 457 aa  415  1e-114  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  47.74 
 
 		 451 aa  413  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  47.74 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  48.57 
 
 		 481 aa  412  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  45.87 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  46.02 
 
 		 451 aa  414  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>