More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4092 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 455 aa  914    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  72.69 
 
 		 455 aa  635    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  73.79 
 
 		 453 aa  667    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 474 aa  513  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  57.21 
 
 		 467 aa  503  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  56.46 
 
 		 466 aa  497  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  60.51 
 
 		 460 aa  494  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  58.08 
 
 		 466 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  56.89 
 
 		 457 aa  492  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  59.21 
 
 		 464 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  58.3 
 
 		 466 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  58.53 
 
 		 467 aa  489  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  58.76 
 
 		 467 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 452 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 452 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  60.22 
 
 		 483 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  60 
 
 		 495 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  59.22 
 
 		 482 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  60.09 
 
 		 485 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  58.82 
 
 		 486 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  59.25 
 
 		 452 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  59.48 
 
 		 503 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  56.39 
 
 		 455 aa  481  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  59.3 
 
 		 469 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  57.39 
 
 		 455 aa  484  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  58.96 
 
 		 499 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 477 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  58.3 
 
 		 477 aa  475  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  58.06 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  58.15 
 
 		 471 aa  473  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  60.42 
 
 		 470 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  59.12 
 
 		 476 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  59.12 
 
 		 478 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  59.12 
 
 		 476 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 454 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  58.72 
 
 		 489 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  58.04 
 
 		 462 aa  467  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 		 454 aa  462  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  59.12 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  57.62 
 
 		 469 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  52.98 
 
 		 450 aa  453  1.0000000000000001e-126  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  56.48 
 
 		 466 aa  441  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 450 aa  434  1e-120  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  49.05 
 
 		 450 aa  429  1e-119  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  51.01 
 
 		 462 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  48.36 
 
 		 460 aa  413  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 		 482 aa  412  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  50.34 
 
 		 455 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 453 aa  411  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  44.99 
 
 		 457 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  49.32 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  47.82 
 
 		 448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 453 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  48.51 
 
 		 451 aa  405  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  46.47 
 
 		 457 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  46.95 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 450 aa  402  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  49.33 
 
 		 461 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  48.87 
 
 		 456 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  48.54 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  48.54 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  48.54 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  48.54 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 		 451 aa  404  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  46.65 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 		 450 aa  402  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  48.75 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  47.61 
 
 		 484 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  46.44 
 
 		 458 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  47.06 
 
 		 457 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  48.64 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 447 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  46.22 
 
 		 458 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  50.57 
 
 		 456 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  48.65 
 
 		 460 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 		 476 aa  400  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  48.32 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  48.87 
 
 		 477 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  47.4 
 
 		 481 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  44.13 
 
 		 455 aa  400  9.999999999999999e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  46.1 
 
 		 458 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  48.64 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  47.31 
 
 		 482 aa  398  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  48.39 
 
 		 460 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  49.19 
 
 		 449 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  45.79 
 
 		 458 aa  397  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1148  DNA repair protein RadA  48.24 
 
 		 454 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0384904 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  45.79 
 
 		 458 aa  396  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  48.53 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>