More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3941 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 454 aa  891    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  78.41 
 
 		 452 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  73.85 
 
 		 455 aa  663    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  78.41 
 
 		 452 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  73.19 
 
 		 455 aa  654    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  73.03 
 
 		 454 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  78.19 
 
 		 452 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  64.84 
 
 		 474 aa  561  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  63.97 
 
 		 467 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  61.4 
 
 		 466 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  61.76 
 
 		 482 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  64.22 
 
 		 458 aa  529  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  62.24 
 
 		 467 aa  526  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  62.24 
 
 		 467 aa  526  1e-148  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  61.82 
 
 		 486 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  62.79 
 
 		 464 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  59.91 
 
 		 466 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  60.31 
 
 		 466 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  62.17 
 
 		 483 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  61.95 
 
 		 495 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  61.22 
 
 		 499 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  61.67 
 
 		 485 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  62.04 
 
 		 457 aa  509  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  59.91 
 
 		 503 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  60.7 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  59.74 
 
 		 477 aa  502  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  59.74 
 
 		 478 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  59.56 
 
 		 469 aa  498  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  62.65 
 
 		 471 aa  498  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  63.66 
 
 		 489 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  56.57 
 
 		 453 aa  492  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  58.81 
 
 		 476 aa  488  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  59.08 
 
 		 481 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  61.47 
 
 		 470 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  59.03 
 
 		 476 aa  489  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  59.69 
 
 		 455 aa  487  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  62.99 
 
 		 462 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 466 aa  479  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  57.33 
 
 		 460 aa  481  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  57.71 
 
 		 455 aa  468  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  51.05 
 
 		 450 aa  448  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  58.96 
 
 		 469 aa  450  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  53.15 
 
 		 452 aa  449  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  52.24 
 
 		 453 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  52.82 
 
 		 449 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  47.42 
 
 		 450 aa  439  9.999999999999999e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 450 aa  438  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  52.29 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  53.65 
 
 		 450 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 		 450 aa  431  1e-119  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  52.16 
 
 		 456 aa  429  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  52.46 
 
 		 451 aa  428  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 457 aa  428  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  50.79 
 
 		 448 aa  430  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 484 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  54.34 
 
 		 452 aa  426  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  54.34 
 
 		 452 aa  426  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.54 
 
 		 452 aa  424  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  51.6 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  51.14 
 
 		 453 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  51.32 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  52.09 
 
 		 455 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 451 aa  420  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 451 aa  420  1e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 453 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 456 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  52.21 
 
 		 455 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  51.98 
 
 		 455 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  52.56 
 
 		 456 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 477 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  52.18 
 
 		 457 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 456 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  45.92 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  45.92 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  46.97 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 		 459 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  52.82 
 
 		 453 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  45.15 
 
 		 457 aa  410  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  44.28 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  410  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  46.33 
 
 		 451 aa  408  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  46.9 
 
 		 476 aa  411  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.02 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  48.22 
 
 		 465 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  48.11 
 
 		 482 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  48.06 
 
 		 489 aa  405  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  51.69 
 
 		 454 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  52.33 
 
 		 476 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  46.48 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  50.78 
 
 		 464 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>