More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_01480 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  72.03 
 
 		 454 aa  691    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  100 
 
 		 453 aa  937    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  76.82 
 
 		 453 aa  729    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  65.58 
 
 		 458 aa  619  1e-176  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  64 
 
 		 455 aa  609  1e-173  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  62.14 
 
 		 461 aa  592  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  62.58 
 
 		 457 aa  587  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  60.31 
 
 		 457 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  55.7 
 
 		 461 aa  536  1e-151  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  55.51 
 
 		 463 aa  522  1e-147  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.7 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  50.93 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  47.82 
 
 		 449 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  46.48 
 
 		 457 aa  442  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 451 aa  436  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  49.18 
 
 		 457 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 484 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  47.38 
 
 		 454 aa  431  1e-119  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  46.19 
 
 		 453 aa  430  1e-119  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  48.78 
 
 		 470 aa  428  1e-119  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  49.29 
 
 		 449 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  45.15 
 
 		 465 aa  425  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  44.18 
 
 		 448 aa  428  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  46.48 
 
 		 450 aa  422  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  48.2 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  46.85 
 
 		 467 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 450 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.71 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  47.6 
 
 		 459 aa  422  1e-117  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 466 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.71 
 
 		 454 aa  422  1e-117  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 		 453 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  47.83 
 
 		 449 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  47.52 
 
 		 462 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 		 466 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  48.58 
 
 		 448 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  46.04 
 
 		 457 aa  413  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  46.14 
 
 		 460 aa  414  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  44.76 
 
 		 458 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  43.76 
 
 		 457 aa  409  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 452 aa  408  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  44.7 
 
 		 476 aa  408  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 451 aa  410  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  44.86 
 
 		 453 aa  411  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  43.74 
 
 		 453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  47.09 
 
 		 459 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 		 453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  47.09 
 
 		 459 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 		 461 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  46.24 
 
 		 448 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  45.61 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  42.95 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  44.32 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 457 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 460 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  46.38 
 
 		 445 aa  402  1e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  44.54 
 
 		 458 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 		 451 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  41.67 
 
 		 514 aa  403  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 		 451 aa  403  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 460 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  41.67 
 
 		 514 aa  403  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 460 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  44.71 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  43.67 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  43.11 
 
 		 455 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  43.3 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  46.77 
 
 		 452 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  47.07 
 
 		 489 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  43.26 
 
 		 461 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  47.08 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  43.72 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  43.08 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  49.25 
 
 		 415 aa  402  9.999999999999999e-111  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  44.42 
 
 		 459 aa  401  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>