More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0403 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0403  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 466 aa  918    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1850  DNA repair protein RadA  68.93 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  61.79 
 
 		 469 aa  531  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  58.3 
 
 		 474 aa  512  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  57.94 
 
 		 466 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  61.34 
 
 		 452 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  61.34 
 
 		 452 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  60.69 
 
 		 452 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  59.52 
 
 		 478 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 467 aa  502  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  58.57 
 
 		 485 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  58.19 
 
 		 455 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  58.41 
 
 		 499 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  60 
 
 		 477 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  59.91 
 
 		 489 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  58.96 
 
 		 483 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  61.59 
 
 		 455 aa  491  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  59.26 
 
 		 477 aa  491  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  58.66 
 
 		 486 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  54.7 
 
 		 464 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  58.79 
 
 		 476 aa  491  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  58.53 
 
 		 495 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  58.39 
 
 		 482 aa  489  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  56.25 
 
 		 466 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  58.96 
 
 		 481 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  58.79 
 
 		 476 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  58.48 
 
 		 470 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  56.83 
 
 		 453 aa  487  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  55.82 
 
 		 466 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  54.62 
 
 		 467 aa  484  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  54.62 
 
 		 467 aa  484  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3941  DNA repair protein RadA  60.26 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  57.02 
 
 		 503 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1784  DNA repair protein RadA  58.86 
 
 		 454 aa  476  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.199022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  59.15 
 
 		 460 aa  472  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  59.31 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  56.13 
 
 		 471 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  55.63 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  56.48 
 
 		 455 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  58.69 
 
 		 455 aa  454  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0985  DNA repair protein RadA  57.92 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0305  DNA repair protein RadA  47.23 
 
 		 450 aa  440  9.999999999999999e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 450 aa  436  1e-121  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  52.51 
 
 		 465 aa  433  1e-120  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  51.58 
 
 		 458 aa  434  1e-120  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  431  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  430  1e-119  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  430  1e-119  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.67 
 
 		 458 aa  430  1e-119  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0698  DNA repair protein RadA  48.33 
 
 		 450 aa  431  1e-119  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  53.3 
 
 		 449 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  430  1e-119  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.67 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  51.44 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  54.21 
 
 		 450 aa  431  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  52.36 
 
 		 452 aa  430  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  52.71 
 
 		 450 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  53.27 
 
 		 453 aa  425  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  51.04 
 
 		 476 aa  426  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  48.59 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  48.9 
 
 		 484 aa  423  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.81 
 
 		 451 aa  420  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  47.89 
 
 		 454 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  49.88 
 
 		 453 aa  413  1e-114  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  47.52 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  47.79 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  50.9 
 
 		 460 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  47.52 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  50.54 
 
 		 456 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  51.61 
 
 		 462 aa  408  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  46.95 
 
 		 457 aa  405  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  47.48 
 
 		 457 aa  402  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0926  DNA repair protein RadA  50.8 
 
 		 455 aa  404  1e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  48.18 
 
 		 457 aa  402  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  51.14 
 
 		 448 aa  403  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 448 aa  401  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  48.55 
 
 		 489 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  51.24 
 
 		 451 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  50.22 
 
 		 448 aa  398  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  48.2 
 
 		 514 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  51.99 
 
 		 460 aa  396  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  48.2 
 
 		 514 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  50.22 
 
 		 464 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  45.74 
 
 		 470 aa  395  1e-109  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  46.53 
 
 		 520 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  47.31 
 
 		 457 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 		 462 aa  392  1e-108  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 		 449 aa  394  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  48.75 
 
 		 452 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  51.16 
 
 		 453 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  45.98 
 
 		 457 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  51.4 
 
 		 453 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  44.18 
 
 		 451 aa  393  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  46.95 
 
 		 452 aa  391  1e-107  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 461 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>