More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1543 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1543  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 456 aa  905    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2110  DNA repair protein RadA  71.91 
 
 		 452 aa  647    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.987747  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1432  DNA repair protein RadA  70.84 
 
 		 458 aa  637    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0471  DNA repair protein RadA  76.97 
 
 		 492 aa  670    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449312 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1854  DNA repair protein RadA  58.57 
 
 		 443 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0864  DNA repair protein RadA  59.23 
 
 		 448 aa  502  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  42.72 
 
 		 457 aa  385  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4304  DNA repair protein RadA  45.53 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0337551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3936  DNA repair protein RadA  45.53 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.075328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4409  DNA repair protein RadA  45.53 
 
 		 481 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.589948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2597  DNA repair protein RadA  46.83 
 
 		 477 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.803027  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  41.55 
 
 		 453 aa  370  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  42.22 
 
 		 455 aa  370  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  46.74 
 
 		 474 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  45.54 
 
 		 451 aa  372  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  47.27 
 
 		 450 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4631  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 477 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.742671  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  46.6 
 
 		 453 aa  366  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3897  DNA repair protein RadA  44.75 
 
 		 478 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.217877 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2309  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 		 471 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1956  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 		 455 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  41.27 
 
 		 457 aa  360  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 		 448 aa  360  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2291  DNA repair protein RadA  45 
 
 		 482 aa  360  2e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.284518  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 		 453 aa  361  2e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  41.2 
 
 		 450 aa  359  6e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  38.84 
 
 		 453 aa  359  7e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  42.31 
 
 		 467 aa  358  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  45.74 
 
 		 467 aa  358  8e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0247  DNA repair protein RadA  39.41 
 
 		 448 aa  358  9.999999999999999e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  40.94 
 
 		 466 aa  356  5e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  47.02 
 
 		 455 aa  356  5.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2129  DNA repair protein RadA  44.8 
 
 		 455 aa  355  7.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.875143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 462 aa  355  8.999999999999999e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  46.35 
 
 		 449 aa  355  1e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  41.55 
 
 		 452 aa  355  1e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  45.67 
 
 		 449 aa  355  1e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  42.39 
 
 		 461 aa  354  2e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 453 aa  354  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  43.01 
 
 		 466 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  43.23 
 
 		 466 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3789  DNA repair protein RadA  45.1 
 
 		 499 aa  353  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  41.22 
 
 		 454 aa  352  7e-96  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2015  DNA repair protein RadA  44.67 
 
 		 486 aa  352  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.086129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  39.61 
 
 		 458 aa  351  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2995  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 		 495 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2504  DNA repair protein RadA  46.07 
 
 		 460 aa  350  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  45.71 
 
 		 453 aa  351  2e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0415  DNA repair protein RadA  45.88 
 
 		 470 aa  350  4e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  39.58 
 
 		 454 aa  350  4e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2454  DNA repair protein RadA  44.7 
 
 		 483 aa  348  8e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.819464  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2456  DNA repair protein RadA  45.58 
 
 		 452 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 		 452 aa  348  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  42.82 
 
 		 457 aa  348  1e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3499  DNA repair protein RadA  43.78 
 
 		 485 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2284  DNA repair protein RadA  44.01 
 
 		 503 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1119  DNA repair protein RadA  45.58 
 
 		 452 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  45.52 
 
 		 450 aa  346  5e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  46.79 
 
 		 451 aa  346  6e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1064  DNA repair protein RadA  45.33 
 
 		 452 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  42.76 
 
 		 484 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  43.38 
 
 		 464 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 		 449 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  40.85 
 
 		 457 aa  343  4e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 		 460 aa  343  4e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  41.82 
 
 		 457 aa  343  4e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  42.13 
 
 		 454 aa  342  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  42.13 
 
 		 454 aa  342  9e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  40.41 
 
 		 458 aa  342  1e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  43.69 
 
 		 448 aa  342  1e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  40.98 
 
 		 457 aa  342  1e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 		 463 aa  341  1e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 		 463 aa  341  1e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  41.15 
 
 		 461 aa  340  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  44.8 
 
 		 455 aa  341  2e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  43.57 
 
 		 459 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  40.41 
 
 		 458 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2402  DNA repair protein RadA  44.52 
 
 		 489 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  44.9 
 
 		 447 aa  340  4e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  41.55 
 
 		 454 aa  340  4e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0968  DNA repair protein RadA  42.99 
 
 		 461 aa  340  4e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000135308  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  43.22 
 
 		 467 aa  339  5e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  43.22 
 
 		 467 aa  339  5e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  43.26 
 
 		 453 aa  339  5.9999999999999996e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  40.77 
 
 		 520 aa  338  8e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  43.12 
 
 		 459 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  40.89 
 
 		 451 aa  338  9.999999999999999e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  41.07 
 
 		 453 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  39.95 
 
 		 458 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  41.11 
 
 		 514 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  41.11 
 
 		 514 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  41.88 
 
 		 453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  42.82 
 
 		 455 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  45.06 
 
 		 464 aa  338  1.9999999999999998e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>