More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06880 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06880  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 473 aa  927    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  70.58 
 
 		 453 aa  641    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0397  DNA repair protein RadA  72.53 
 
 		 498 aa  622  1e-177  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0566  DNA repair protein RadA  73.97 
 
 		 473 aa  619  1e-176  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0603  DNA repair protein RadA  65.51 
 
 		 462 aa  583  1.0000000000000001e-165  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.981961  normal  0.107382 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0360  DNA repair protein RadA  61.9 
 
 		 457 aa  551  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3279  DNA repair protein RadA  66.89 
 
 		 478 aa  549  1e-155  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  hitchhiker  0.00533763 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  62.99 
 
 		 457 aa  550  1e-155  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3412  DNA repair protein RadA  61.62 
 
 		 475 aa  540  9.999999999999999e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.176098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4466  DNA repair protein RadA  60.48 
 
 		 468 aa  535  1e-151  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8361  DNA repair protein RadA  66.51 
 
 		 468 aa  535  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01590  DNA repair protein RadA  61.26 
 
 		 478 aa  520  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  62.82 
 
 		 466 aa  519  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2711  DNA repair protein RadA  61.11 
 
 		 454 aa  512  1e-144  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0470  DNA repair protein RadA  59.95 
 
 		 472 aa  511  1e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.435063  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24550  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 		 461 aa  508  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0366  DNA repair protein RadA  58.74 
 
 		 462 aa  501  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18348  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0968  DNA repair protein RadA  59.36 
 
 		 461 aa  504  1e-141  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000135308  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4999  DNA repair protein RadA  61.2 
 
 		 483 aa  490  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.412289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35070  DNA repair protein RadA  59.41 
 
 		 454 aa  484  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.876933  normal  0.773163 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  56.21 
 
 		 467 aa  479  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0645  DNA repair protein RadA  58.07 
 
 		 449 aa  477  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  55.8 
 
 		 462 aa  473  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4258  DNA repair protein RadA  57.17 
 
 		 485 aa  474  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0359  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 490 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  hitchhiker  0.00589399 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0150  DNA repair protein RadA  57.3 
 
 		 465 aa  460  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627247  normal  0.549694 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0599  DNA repair protein RadA  58.88 
 
 		 461 aa  461  9.999999999999999e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.316853  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5128  DNA repair protein RadA  56.29 
 
 		 466 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.764257 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4828  DNA repair protein RadA  56.07 
 
 		 466 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4742  DNA repair protein RadA  56.07 
 
 		 466 aa  449  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0293  DNA repair protein RadA  50.41 
 
 		 495 aa  445  1.0000000000000001e-124  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1747  DNA repair protein RadA  51 
 
 		 512 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0864  DNA repair protein RadA  55.63 
 
 		 475 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.493178 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0228  DNA repair protein RadA  55.41 
 
 		 460 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.745621 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4699  DNA repair protein RadA  58.35 
 
 		 499 aa  442  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4269  DNA repair protein RadA  57.64 
 
 		 481 aa  442  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.182746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13618  DNA repair protein RadA  55.7 
 
 		 480 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.516493 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  48 
 
 		 457 aa  423  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 		 453 aa  415  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  47.96 
 
 		 448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  47.83 
 
 		 462 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  45.74 
 
 		 453 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  48.09 
 
 		 449 aa  404  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 		 465 aa  402  1e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  46.85 
 
 		 450 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  48.43 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  43.2 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  43.99 
 
 		 457 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 		 451 aa  398  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 		 451 aa  400  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  396  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  48.94 
 
 		 450 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  48.22 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  42.79 
 
 		 454 aa  398  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 		 458 aa  398  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  42.79 
 
 		 454 aa  398  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  47.27 
 
 		 449 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  48.51 
 
 		 475 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  43.2 
 
 		 458 aa  395  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  43.2 
 
 		 458 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  46.06 
 
 		 448 aa  396  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 456 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  48.11 
 
 		 458 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 458 aa  395  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  46.74 
 
 		 476 aa  393  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  46.92 
 
 		 455 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  47.38 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  47.88 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 		 456 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  46.76 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  47.88 
 
 		 458 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 452 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  46.49 
 
 		 448 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  48 
 
 		 454 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 		 465 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  47.69 
 
 		 458 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  46.33 
 
 		 462 aa  389  1e-107  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  42.02 
 
 		 457 aa  386  1e-106  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01611  DNA repair protein RadA  41.76 
 
 		 450 aa  388  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.821199  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  45.5 
 
 		 453 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  46.67 
 
 		 471 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  45.29 
 
 		 453 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 458 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  48.08 
 
 		 445 aa  385  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  41.67 
 
 		 452 aa  386  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 458 aa  388  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  45.27 
 
 		 453 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  46.86 
 
 		 451 aa  385  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  45.27 
 
 		 453 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.39 
 
 		 466 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 		 452 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>