More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A1803 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  71.43 
 
 
456 aa  636    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  71.62 
 
 
458 aa  636    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  640    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  72.91 
 
 
453 aa  667    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  71.83 
 
 
458 aa  639    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  71.83 
 
 
458 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  100 
 
 
452 aa  914    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  73.57 
 
 
453 aa  655    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  73.19 
 
 
455 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  71.83 
 
 
458 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  72.27 
 
 
458 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  71.43 
 
 
456 aa  635    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  71.83 
 
 
458 aa  639    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  72.05 
 
 
458 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  72.27 
 
 
458 aa  641    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  71.43 
 
 
456 aa  631  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  72.91 
 
 
471 aa  632  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  71.18 
 
 
458 aa  634  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  70.52 
 
 
458 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  70.96 
 
 
458 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  69.8 
 
 
457 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  72.79 
 
 
450 aa  629  1e-179  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  70.52 
 
 
458 aa  627  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  70.21 
 
 
472 aa  626  1e-178  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  70.44 
 
 
454 aa  612  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  64.94 
 
 
462 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  68.35 
 
 
457 aa  592  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  67.1 
 
 
475 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  68.13 
 
 
454 aa  590  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  66.24 
 
 
465 aa  589  1e-167  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  65.65 
 
 
460 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  65.65 
 
 
460 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  66.23 
 
 
456 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  70.76 
 
 
422 aa  565  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  63.99 
 
 
476 aa  561  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  61.89 
 
 
455 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  62.11 
 
 
455 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  66.88 
 
 
459 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  66.23 
 
 
459 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  61.59 
 
 
455 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  61.5 
 
 
453 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  60.57 
 
 
477 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  60.84 
 
 
453 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  62.14 
 
 
448 aa  554  1e-156  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  60.22 
 
 
456 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  60.75 
 
 
453 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  60.22 
 
 
456 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  60.61 
 
 
464 aa  546  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  60.22 
 
 
456 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  61.23 
 
 
457 aa  541  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 
451 aa  539  9.999999999999999e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  60.18 
 
 
453 aa  541  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  59.47 
 
 
451 aa  538  9.999999999999999e-153  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  59.83 
 
 
458 aa  535  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  60.49 
 
 
451 aa  532  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  60.67 
 
 
447 aa  530  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  61.1 
 
 
455 aa  529  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  59.52 
 
 
463 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  59.52 
 
 
463 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  56.16 
 
 
482 aa  521  1e-147  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  56.86 
 
 
450 aa  518  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  58.55 
 
 
456 aa  520  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  56.42 
 
 
450 aa  515  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  56.37 
 
 
482 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  57.52 
 
 
461 aa  514  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  56.49 
 
 
481 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  57.08 
 
 
460 aa  512  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  56.99 
 
 
458 aa  514  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  57.05 
 
 
460 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  57.27 
 
 
460 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  56.83 
 
 
460 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  56.83 
 
 
460 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  56.83 
 
 
460 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  56.77 
 
 
460 aa  510  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  58.08 
 
 
458 aa  511  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  56.77 
 
 
460 aa  510  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  56.77 
 
 
460 aa  510  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  56.83 
 
 
460 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 
455 aa  507  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  55.39 
 
 
461 aa  505  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  54.49 
 
 
459 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  55.92 
 
 
458 aa  498  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  54.7 
 
 
459 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  53.93 
 
 
459 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  54.82 
 
 
454 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3470  DNA repair protein RadA  57.52 
 
 
461 aa  495  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  57.27 
 
 
454 aa  489  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3219  DNA repair protein RadA  54.29 
 
 
454 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>