More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1939 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  98.25 
 
 		 458 aa  910    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  81.96 
 
 		 456 aa  727    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  89.08 
 
 		 458 aa  805    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  70.97 
 
 		 475 aa  644    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  81.74 
 
 		 456 aa  738    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  73.42 
 
 		 453 aa  681    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  76.99 
 
 		 454 aa  672    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  83.22 
 
 		 471 aa  728    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  74.29 
 
 		 450 aa  639    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  93.23 
 
 		 458 aa  832    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 458 aa  921    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  98.25 
 
 		 458 aa  907    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  70.44 
 
 		 472 aa  641    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  93.67 
 
 		 458 aa  838    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  71.74 
 
 		 454 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  74.4 
 
 		 453 aa  660    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  70.43 
 
 		 465 aa  637    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  88.86 
 
 		 458 aa  801    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  82.83 
 
 		 455 aa  741    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  97.38 
 
 		 458 aa  871    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  98.25 
 
 		 458 aa  909    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  81.74 
 
 		 456 aa  738    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  69.87 
 
 		 462 aa  650    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  99.78 
 
 		 458 aa  920    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  74.07 
 
 		 457 aa  661    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  89.74 
 
 		 458 aa  814    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  81.66 
 
 		 457 aa  749    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  98.47 
 
 		 458 aa  912    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  93.45 
 
 		 458 aa  836    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  71.83 
 
 		 452 aa  632  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  70.26 
 
 		 459 aa  621  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  69.65 
 
 		 456 aa  617  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 422 aa  611  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  68.87 
 
 		 460 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  68.87 
 
 		 460 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  69.83 
 
 		 459 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  66.31 
 
 		 476 aa  594  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  62.11 
 
 		 453 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  61.27 
 
 		 456 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  61.05 
 
 		 456 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  60.96 
 
 		 455 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  60.96 
 
 		 455 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  62.69 
 
 		 448 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  61.05 
 
 		 456 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  61.01 
 
 		 453 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  61.01 
 
 		 453 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  60.75 
 
 		 455 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  61.4 
 
 		 477 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  61.74 
 
 		 455 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  60.57 
 
 		 453 aa  555  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  62.17 
 
 		 457 aa  552  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  59.82 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  60.34 
 
 		 464 aa  547  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  60.04 
 
 		 451 aa  547  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  58.06 
 
 		 460 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  59.48 
 
 		 463 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  59.48 
 
 		 463 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  58.06 
 
 		 460 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  58.37 
 
 		 461 aa  541  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  58.28 
 
 		 460 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  58.06 
 
 		 460 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  58.06 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  60 
 
 		 451 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  59.11 
 
 		 447 aa  535  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  57.63 
 
 		 460 aa  536  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  57.2 
 
 		 460 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  59.96 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  57.2 
 
 		 460 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  57.2 
 
 		 460 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  56.46 
 
 		 455 aa  531  1e-149  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  57.05 
 
 		 450 aa  525  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  57.36 
 
 		 454 aa  525  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  57.14 
 
 		 458 aa  527  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  525  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  56.74 
 
 		 461 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  56.61 
 
 		 450 aa  523  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  58.19 
 
 		 456 aa  523  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  55.39 
 
 		 459 aa  523  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  57.47 
 
 		 481 aa  525  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  55.53 
 
 		 482 aa  523  1e-147  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  56.89 
 
 		 454 aa  521  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  56.52 
 
 		 482 aa  521  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  54.74 
 
 		 459 aa  519  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  55.99 
 
 		 454 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1045  DNA repair protein RadA  55.99 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.665867  normal  0.0445974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1110  DNA repair protein RadA  55.99 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  55.99 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>