More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0497 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 422 aa  840    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  96.68 
 
 		 454 aa  785    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 458 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  75.84 
 
 		 458 aa  608  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 458 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 458 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  75.84 
 
 		 458 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  75.36 
 
 		 458 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 458 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  75.62 
 
 		 456 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  76.08 
 
 		 458 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  74.34 
 
 		 455 aa  601  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  75.84 
 
 		 458 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  75.37 
 
 		 456 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  598  1e-170  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  74.64 
 
 		 458 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 458 aa  597  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  76.72 
 
 		 471 aa  597  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  76.17 
 
 		 458 aa  594  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  71.12 
 
 		 453 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  74.88 
 
 		 456 aa  588  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  71.53 
 
 		 457 aa  586  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  70.47 
 
 		 475 aa  566  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  67.07 
 
 		 462 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  71.74 
 
 		 453 aa  558  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  69.1 
 
 		 457 aa  559  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  70.4 
 
 		 476 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  69.18 
 
 		 456 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  70.12 
 
 		 460 aa  552  1e-156  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  70.12 
 
 		 460 aa  552  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  70.76 
 
 		 452 aa  553  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  68.72 
 
 		 472 aa  552  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  68.97 
 
 		 454 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  66.82 
 
 		 465 aa  550  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  69.25 
 
 		 459 aa  545  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  70.84 
 
 		 450 aa  541  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  69.46 
 
 		 459 aa  534  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  59 
 
 		 453 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  61.58 
 
 		 448 aa  492  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  60.4 
 
 		 447 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  59.95 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  59.95 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  60.46 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  58.57 
 
 		 453 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  59.95 
 
 		 453 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  60.88 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  61.58 
 
 		 455 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  59.95 
 
 		 453 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  57.38 
 
 		 456 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  62.92 
 
 		 463 aa  488  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  62.92 
 
 		 463 aa  488  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  57.38 
 
 		 456 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  57.38 
 
 		 456 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  60.05 
 
 		 461 aa  484  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  59.8 
 
 		 451 aa  486  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  59.8 
 
 		 451 aa  485  1e-136  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  59.7 
 
 		 477 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  59.9 
 
 		 455 aa  481  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  58.27 
 
 		 460 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  58.27 
 
 		 460 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  58.27 
 
 		 460 aa  484  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  59.31 
 
 		 464 aa  478  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  58.21 
 
 		 460 aa  480  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  58.45 
 
 		 460 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  57.77 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  56.76 
 
 		 459 aa  474  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  56.76 
 
 		 459 aa  471  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0667  DNA repair protein RadA  57.66 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  56.9 
 
 		 482 aa  471  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  56.13 
 
 		 459 aa  470  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  60.3 
 
 		 456 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  58.71 
 
 		 481 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  56.49 
 
 		 450 aa  466  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  56.73 
 
 		 450 aa  466  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  61.72 
 
 		 458 aa  468  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  58.42 
 
 		 454 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  57.4 
 
 		 482 aa  462  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1188  DNA repair protein RadA  57.11 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3470  DNA repair protein RadA  58.61 
 
 		 461 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  59.2 
 
 		 451 aa  462  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0546  DNA repair protein RadA  59.05 
 
 		 460 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0449  DNA repair protein RadA  59.3 
 
 		 460 aa  460  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0204936  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  57.8 
 
 		 458 aa  460  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>