More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4298 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 455 aa  919    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  65.94 
 
 		 462 aa  631  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  69.82 
 
 		 457 aa  632  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  67.84 
 
 		 454 aa  622  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  67.25 
 
 		 475 aa  623  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  67.39 
 
 		 476 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0200  DNA repair protein RadA  66.38 
 
 		 465 aa  618  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  68.96 
 
 		 456 aa  613  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 		 460 aa  609  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 		 460 aa  609  1e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  67.69 
 
 		 459 aa  604  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0262  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 		 459 aa  593  1e-168  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  61.45 
 
 		 453 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  62.61 
 
 		 458 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  62.86 
 
 		 456 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  62.61 
 
 		 458 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  61.96 
 
 		 458 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  62.64 
 
 		 456 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  62.17 
 
 		 458 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1372  DNA repair protein RadA  62.86 
 
 		 456 aa  556  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  61.74 
 
 		 458 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  555  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  61.96 
 
 		 458 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  61.74 
 
 		 458 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  62.12 
 
 		 458 aa  553  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  61.54 
 
 		 455 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  62.12 
 
 		 458 aa  551  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  61.52 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  61.3 
 
 		 458 aa  551  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4932  DNA repair protein RadA  61.3 
 
 		 457 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1461  DNA repair protein RadA  62.14 
 
 		 454 aa  547  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.421655  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  60.65 
 
 		 458 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  62.64 
 
 		 471 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  61.32 
 
 		 453 aa  535  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0965  DNA repair protein RadA  61.89 
 
 		 450 aa  526  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  61.1 
 
 		 452 aa  524  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2252  DNA repair protein RadA  58.26 
 
 		 472 aa  523  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  55.31 
 
 		 448 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  55.75 
 
 		 464 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0497  DNA repair protein RadA  61.58 
 
 		 422 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  55.16 
 
 		 463 aa  497  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  55.16 
 
 		 463 aa  497  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  54.41 
 
 		 455 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  51.37 
 
 		 481 aa  485  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  55.14 
 
 		 458 aa  481  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  53.96 
 
 		 455 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  50.84 
 
 		 482 aa  483  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  54.55 
 
 		 455 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  50.52 
 
 		 482 aa  481  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  53.95 
 
 		 456 aa  479  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  52.51 
 
 		 458 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  53.19 
 
 		 456 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  53.42 
 
 		 453 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 		 453 aa  477  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  52.74 
 
 		 457 aa  475  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  52.97 
 
 		 456 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  53.14 
 
 		 447 aa  472  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 		 451 aa  471  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  53.52 
 
 		 477 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  53.32 
 
 		 451 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  52.43 
 
 		 453 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  52.97 
 
 		 456 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 		 455 aa  472  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  52.44 
 
 		 451 aa  471  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  52.21 
 
 		 453 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1778  DNA repair protein RadA  53.28 
 
 		 460 aa  461  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4903  DNA repair protein RadA  51.75 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  50.67 
 
 		 450 aa  458  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 		 450 aa  460  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0825  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3492  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4991  DNA repair protein RadA  51.75 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0994  DNA repair protein RadA  51.43 
 
 		 457 aa  458  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4937  DNA repair protein RadA  51.75 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0548  DNA repair protein RadA  51.42 
 
 		 461 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.342744 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3621  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  52.09 
 
 		 454 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4830  DNA repair protein RadA  51.75 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4989  DNA repair protein RadA  51.75 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.541639  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  55.84 
 
 		 452 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  55.84 
 
 		 452 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 460 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.696085 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3609  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 		 460 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 459 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2814  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3219  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0406  DNA repair protein RadA  52.41 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.509389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1049  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>