More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_58 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  97.4 
 
 		 462 aa  885    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 462 aa  931    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  93.97 
 
 		 464 aa  843    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  53.28 
 
 		 465 aa  494  9.999999999999999e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  52.75 
 
 		 476 aa  480  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  51.52 
 
 		 458 aa  475  1e-133  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  51.74 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.87 
 
 		 458 aa  475  1e-133  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  51.31 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 457 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50.65 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  51.78 
 
 		 453 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 		 470 aa  465  9.999999999999999e-131  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 453 aa  463  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  50.77 
 
 		 484 aa  463  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  51.79 
 
 		 449 aa  462  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  51.1 
 
 		 448 aa  463  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  51.88 
 
 		 450 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 489 aa  461  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  51.46 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 		 453 aa  458  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  52.54 
 
 		 449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 		 454 aa  452  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  51.22 
 
 		 449 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  51.42 
 
 		 460 aa  449  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  47.48 
 
 		 454 aa  445  1.0000000000000001e-124  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2017  DNA repair protein RadA  51.39 
 
 		 464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.404277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 454 aa  447  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 454 aa  447  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  47.71 
 
 		 459 aa  442  1e-123  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  48.58 
 
 		 457 aa  439  9.999999999999999e-123  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 457 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 452 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 		 445 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  51.69 
 
 		 460 aa  436  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.77 
 
 		 451 aa  437  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  44.22 
 
 		 507 aa  432  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  46.8 
 
 		 451 aa  428  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  45.64 
 
 		 514 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 462 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0157  DNA repair protein RadA  52.39 
 
 		 408 aa  429  1e-119  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  45.64 
 
 		 514 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1732  DNA repair protein RadA  52.89 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0794111 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  49.1 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  45.45 
 
 		 520 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  50.59 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  47.12 
 
 		 452 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  44.17 
 
 		 457 aa  420  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  49.13 
 
 		 464 aa  420  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  45.27 
 
 		 456 aa  420  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  47.15 
 
 		 446 aa  420  1e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  50.49 
 
 		 415 aa  418  1e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  42.91 
 
 		 518 aa  418  9.999999999999999e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  49.24 
 
 		 462 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  51.09 
 
 		 471 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  43.83 
 
 		 458 aa  412  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  48.44 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  44.79 
 
 		 452 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  48.99 
 
 		 447 aa  411  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 		 461 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  49.24 
 
 		 462 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  47.7 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  47.41 
 
 		 458 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 478 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 452 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  46.23 
 
 		 467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  45.28 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 452 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 		 453 aa  405  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  43.37 
 
 		 517 aa  404  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  43.87 
 
 		 461 aa  404  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  43.01 
 
 		 457 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  45.98 
 
 		 467 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2711  DNA repair protein RadA  45.81 
 
 		 454 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  46.55 
 
 		 456 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0396  DNA repair protein RadA  47.1 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  45.62 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  45.43 
 
 		 453 aa  398  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  43.78 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  47.14 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06880  DNA repair protein RadA  46.52 
 
 		 473 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  44.6 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.32 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0571  DNA repair protein RadA  46.67 
 
 		 494 aa  398  1e-109  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  43.2 
 
 		 461 aa  398  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  48.07 
 
 		 455 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  47.89 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 		 454 aa  396  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>