More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_24550 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_24550  DNA repair protein RadA  100 
 
 
461 aa  905    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0603  DNA repair protein RadA  66.14 
 
 
462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.981961  normal  0.107382 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3412  DNA repair protein RadA  60.85 
 
 
475 aa  554  1e-156  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.176098  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4466  DNA repair protein RadA  62.86 
 
 
468 aa  550  1e-155  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0566  DNA repair protein RadA  63.43 
 
 
473 aa  533  1e-150  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0360  DNA repair protein RadA  61.22 
 
 
457 aa  527  1e-148  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  61.44 
 
 
457 aa  525  1e-148  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06880  DNA repair protein RadA  60.32 
 
 
473 aa  523  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2711  DNA repair protein RadA  62.3 
 
 
454 aa  518  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  59.33 
 
 
453 aa  521  1e-146  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  61.81 
 
 
466 aa  516  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01590  DNA repair protein RadA  60.43 
 
 
478 aa  508  1e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0470  DNA repair protein RadA  61.3 
 
 
472 aa  505  9.999999999999999e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.435063  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0397  DNA repair protein RadA  58.44 
 
 
498 aa  495  1e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4999  DNA repair protein RadA  61.63 
 
 
483 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.412289  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0645  DNA repair protein RadA  60.71 
 
 
449 aa  491  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  56.26 
 
 
467 aa  490  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  54.9 
 
 
462 aa  485  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8361  DNA repair protein RadA  60.93 
 
 
468 aa  483  1e-135  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3279  DNA repair protein RadA  60.31 
 
 
478 aa  483  1e-135  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  hitchhiker  0.00533763 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35070  DNA repair protein RadA  58.35 
 
 
454 aa  471  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.876933  normal  0.773163 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4258  DNA repair protein RadA  57.11 
 
 
485 aa  465  9.999999999999999e-131  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0366  DNA repair protein RadA  57.89 
 
 
462 aa  465  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18348  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5128  DNA repair protein RadA  54.17 
 
 
466 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.764257 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4828  DNA repair protein RadA  53.95 
 
 
466 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4742  DNA repair protein RadA  53.95 
 
 
466 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0359  DNA repair protein RadA  58.11 
 
 
490 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  hitchhiker  0.00589399 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0968  DNA repair protein RadA  50.79 
 
 
461 aa  451  1e-125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000135308  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4269  DNA repair protein RadA  58.82 
 
 
481 aa  442  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182746 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0599  DNA repair protein RadA  55.24 
 
 
461 aa  443  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.316853  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4699  DNA repair protein RadA  57.73 
 
 
499 aa  441  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0228  DNA repair protein RadA  55.43 
 
 
460 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.745621 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0864  DNA repair protein RadA  56.5 
 
 
475 aa  436  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.493178 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13618  DNA repair protein RadA  55.42 
 
 
480 aa  430  1e-119  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.516493 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0150  DNA repair protein RadA  54.59 
 
 
465 aa  422  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627247  normal  0.549694 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.66 
 
 
453 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  50.7 
 
 
462 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1747  DNA repair protein RadA  48.91 
 
 
512 aa  413  1e-114  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0293  DNA repair protein RadA  46.86 
 
 
495 aa  410  1e-113  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  47.92 
 
 
465 aa  410  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 
455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  46.37 
 
 
453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0180  DNA repair protein RadA  49.02 
 
 
460 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0199  DNA repair protein RadA  49.02 
 
 
460 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0917  DNA repair protein RadA  51.35 
 
 
456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  48.99 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  42.92 
 
 
454 aa  404  1e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0138  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 
475 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.822754  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  45.73 
 
 
455 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  49.53 
 
 
464 aa  402  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0314  DNA repair protein RadA  48.37 
 
 
476 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  45.95 
 
 
455 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  46.62 
 
 
453 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  46.59 
 
 
453 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  45.39 
 
 
477 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
458 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 
457 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  49.06 
 
 
462 aa  399  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
456 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
458 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
456 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  46.62 
 
 
453 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 
456 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 
456 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 
458 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0797  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
459 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 
458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 
458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 
458 aa  395  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  43.52 
 
 
458 aa  397  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1574  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 
458 aa  396  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2457  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2602  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0200982  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1349  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517323  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  47.42 
 
 
449 aa  396  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2008  DNA repair protein RadA  47.69 
 
 
458 aa  398  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480875  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  44.32 
 
 
451 aa  395  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2077  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0646051  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4298  DNA repair protein RadA  47.68 
 
 
455 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0500  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 
454 aa  398  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.81715  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 
458 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3556  DNA repair protein RadA  49 
 
 
457 aa  396  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  44.54 
 
 
484 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2513  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167746  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  46.84 
 
 
476 aa  398  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  47.24 
 
 
448 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1358  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156859  normal  0.874233 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 
458 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  48.68 
 
 
458 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  43.42 
 
 
458 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 
456 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3235  DNA repair protein RadA  47.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150478  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 
482 aa  393  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1933  DNA repair protein RadA  49.22 
 
 
471 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.922552  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  43.74 
 
 
457 aa  393  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  48.79 
 
 
458 aa  395  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>