More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3932 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 312 aa  622  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  67.08 
 
 		 324 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  67.08 
 
 		 324 aa  436  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  65.84 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  68.39 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  65.16 
 
 		 310 aa  411  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  64.84 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  56.78 
 
 		 320 aa  377  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  54.84 
 
 		 368 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  55.37 
 
 		 351 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  54.4 
 
 		 366 aa  326  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  53.42 
 
 		 412 aa  325  5e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  54.72 
 
 		 366 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  54.4 
 
 		 387 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  54.07 
 
 		 358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 		 304 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  54.52 
 
 		 342 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  52.77 
 
 		 354 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 335 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  54.05 
 
 		 363 aa  295  8e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 300 aa  285  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  48.04 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  48.69 
 
 		 301 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.37 
 
 		 301 aa  275  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  46.06 
 
 		 318 aa  269  5.9999999999999995e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  47.76 
 
 		 307 aa  268  7e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.37 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  46.39 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  45.98 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  43.14 
 
 		 305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.17 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  42.5 
 
 		 324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  38.29 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  40.32 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  37.07 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.13 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  37.35 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 323 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  39.27 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.58 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.09 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  37.36 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>