More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3480 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 279 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  58.24 
 
 		 292 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  58.24 
 
 		 289 aa  316  3e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  57.88 
 
 		 284 aa  314  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 		 286 aa  301  7.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  62.18 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  61.09 
 
 		 278 aa  294  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  60.36 
 
 		 278 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  52.19 
 
 		 285 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  53.11 
 
 		 282 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  51.82 
 
 		 285 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  52.21 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  57.8 
 
 		 290 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  51.66 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  53.26 
 
 		 279 aa  267  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  58.21 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  53.53 
 
 		 285 aa  265  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  52.79 
 
 		 280 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 		 280 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  57.45 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 		 283 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  51.66 
 
 		 280 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 		 277 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  44.36 
 
 		 291 aa  241  9e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  49.07 
 
 		 279 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  49.07 
 
 		 279 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  48.7 
 
 		 279 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 		 276 aa  227  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  47.78 
 
 		 278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 278 aa  219  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  44.16 
 
 		 278 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.27 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  47.21 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  49.26 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  42.14 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.43 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  39.84 
 
 		 279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.91 
 
 		 286 aa  151  8.999999999999999e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  39.26 
 
 		 270 aa  150  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  37.76 
 
 		 290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 269 aa  142  8e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  38.29 
 
 		 265 aa  141  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 273 aa  138  8.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  40.16 
 
 		 271 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 268 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 268 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.84 
 
 		 280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 302 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 		 272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 276 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  35.46 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  29.63 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>