More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6005 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
348 aa  706    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.31 
 
 
319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.56 
 
 
320 aa  246  4e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.02 
 
 
351 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.63 
 
 
322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 
347 aa  236  6e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.08 
 
 
328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  41.51 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.94 
 
 
333 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.96 
 
 
320 aa  230  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.82 
 
 
332 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.2 
 
 
350 aa  227  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.08 
 
 
327 aa  224  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.59 
 
 
332 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.53 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.65 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.44 
 
 
381 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.27 
 
 
346 aa  219  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.66 
 
 
337 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 
355 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 
355 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.79 
 
 
353 aa  216  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.63 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.56 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.75 
 
 
356 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.56 
 
 
355 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  40.85 
 
 
356 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.45 
 
 
333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.32 
 
 
348 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.63 
 
 
353 aa  212  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 
355 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 
318 aa  212  9e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 
355 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.16 
 
 
317 aa  211  1e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.81 
 
 
326 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.81 
 
 
326 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.1 
 
 
328 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.01 
 
 
323 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
357 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.02 
 
 
352 aa  209  6e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.2 
 
 
355 aa  208  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.46 
 
 
352 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.96 
 
 
342 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.84 
 
 
346 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 
327 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.76 
 
 
317 aa  207  3e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.18 
 
 
315 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
333 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
338 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.34 
 
 
321 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 
321 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 
321 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 
321 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.05 
 
 
319 aa  206  6e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.8 
 
 
331 aa  206  6e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 
321 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 
321 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.3 
 
 
321 aa  205  7e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.13 
 
 
332 aa  205  8e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.69 
 
 
354 aa  205  9e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.7 
 
 
354 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.85 
 
 
358 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.12 
 
 
334 aa  205  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  41.03 
 
 
348 aa  205  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.3 
 
 
326 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.23 
 
 
321 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
321 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 
332 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.08 
 
 
321 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  39.09 
 
 
336 aa  203  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  35.22 
 
 
338 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.08 
 
 
321 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.12 
 
 
321 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.89 
 
 
331 aa  202  8e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.68 
 
 
330 aa  201  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.32 
 
 
350 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.63 
 
 
352 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.37 
 
 
333 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.64 
 
 
349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.99 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
324 aa  200  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>