More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0074 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0074  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
178 aa  355  2e-97  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1860  50S ribosomal protein L6  91.01 
 
 
178 aa  327  4e-89  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1689  50S ribosomal protein L6  91.01 
 
 
178 aa  327  4e-89  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.267616  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2066  50S ribosomal protein L6  90.45 
 
 
178 aa  324  4e-88  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0049  50S ribosomal protein L6  76.4 
 
 
178 aa  288  3e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560841  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1761  50S ribosomal protein L6  75.28 
 
 
178 aa  281  5e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00139046  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0099  50S ribosomal protein L6  74.16 
 
 
178 aa  280  7e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.492804  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1018  50S ribosomal protein L6  74.16 
 
 
178 aa  277  5e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000674747  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1953  ribosomal protein L6  67.42 
 
 
178 aa  258  3e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0301  50S ribosomal protein L6  57.87 
 
 
178 aa  213  9e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.258574  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  51.98 
 
 
177 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  52.57 
 
 
176 aa  185  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  183  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  9.65255e-14  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  183  1e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  50.86 
 
 
177 aa  182  2e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.31703e-06  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  53.59 
 
 
179 aa  182  2e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 
177 aa  182  2e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  50.86 
 
 
177 aa  182  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  181  4e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.23092e-06  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  181  4e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  2.06818e-05  hitchhiker  2.93736e-06 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  181  4e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0641  50S ribosomal protein L6  51.93 
 
 
179 aa  181  4e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.03619e-11  hitchhiker  3.81043e-08 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  181  4e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  3.56471e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  181  4e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  53.11 
 
 
177 aa  181  5e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 
177 aa  181  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  180  7e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  50.86 
 
 
177 aa  180  8e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  51.38 
 
 
179 aa  180  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  180  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
177 aa  179  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  46.86 
 
 
177 aa  179  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 
177 aa  179  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.21964e-07  unclonable  2.81926e-12 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
177 aa  178  3e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  179  3e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  52.27 
 
 
177 aa  178  3e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.49542e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 
177 aa  179  3e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 
177 aa  178  3e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 
177 aa  178  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 
177 aa  178  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 
177 aa  177  5e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  177  5e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 
177 aa  177  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  177  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  177  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  177  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 
177 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  176  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  46.29 
 
 
177 aa  176  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1081  50S ribosomal protein L6  50.83 
 
 
179 aa  176  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.253024  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 
177 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  50.29 
 
 
177 aa  175  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 
177 aa  174  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 
177 aa  174  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0094  50S ribosomal protein L6  51.67 
 
 
178 aa  174  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0429315 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  53.67 
 
 
175 aa  173  1e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.85971e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2242  50S ribosomal protein L6  51.11 
 
 
179 aa  173  1e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0343464  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 
177 aa  172  2e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  52 
 
 
177 aa  172  2e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  8.34141e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1570  ribosomal protein L6  47.78 
 
 
179 aa  172  3e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.362443  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0782  50S ribosomal protein L6  47.22 
 
 
179 aa  171  4e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0731321  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 
177 aa  171  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  4.90691e-05  hitchhiker  8.52439e-06 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0948  50S ribosomal protein L6  50 
 
 
179 aa  171  6e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00150811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 
177 aa  171  7e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1750  50S ribosomal protein L6  47.75 
 
 
179 aa  170  8e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.406175  normal  0.64108 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 
177 aa  170  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  50 
 
 
178 aa  170  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3990  ribosomal protein L6  47.19 
 
 
177 aa  169  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101136  normal  0.864616 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  45.14 
 
 
177 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  45.14 
 
 
177 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 
177 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  1.01172e-06 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  45.14 
 
 
177 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3313  50S ribosomal protein L6  49.46 
 
 
179 aa  169  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.24387e-10 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 
177 aa  169  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  49.17 
 
 
179 aa  168  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  7.76648e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  45.81 
 
 
179 aa  168  3e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  43.43 
 
 
177 aa  168  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 
177 aa  167  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0276  ribosomal protein L6  51.96 
 
 
181 aa  167  7e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.017278  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0695  50S ribosomal protein L6  48.62 
 
 
179 aa  167  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.476782  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 
177 aa  167  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  46.86 
 
 
177 aa  167  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0266  ribosomal protein L6  47.46 
 
 
179 aa  167  1e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  49.72 
 
 
181 aa  166  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  1.13192e-06 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17020  LSU ribosomal protein L6P  47.49 
 
 
177 aa  166  1e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  3.13624e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1200  50S ribosomal protein L6  48.33 
 
 
179 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.046217 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  46.89 
 
 
177 aa  166  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  48.3 
 
 
177 aa  166  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  44.57 
 
 
177 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0211  50S ribosomal protein L6  50 
 
 
178 aa  166  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0396  50S ribosomal protein L6  45.71 
 
 
177 aa  165  3e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0491976  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01320  ribosomal protein L6  50.84 
 
 
179 aa  165  3e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.299584  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0388  50S ribosomal protein L6  45.71 
 
 
177 aa  165  3e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  7.57352e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  46.29 
 
 
177 aa  165  3e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.34587e-06  hitchhiker  1.09608e-06 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  49.43 
 
 
177 aa  164  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 
177 aa  164  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0492  ribosomal protein L6  48 
 
 
178 aa  165  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.187085  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  51.41 
 
 
177 aa  165  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 
177 aa  165  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1722  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 
179 aa  164  4e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0239785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>