More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0300 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  358  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  81.92 
 
 		 177 aa  306  8e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  82.49 
 
 		 177 aa  305  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 		 177 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 		 177 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  77.97 
 
 		 177 aa  288  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  76.84 
 
 		 177 aa  287  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  235  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  236  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  234  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  229  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  228  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  228  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  226  9e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  225  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  223  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  221  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  220  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  220  7e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  220  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  220  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  216  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  216  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  216  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  214  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  58.76 
 
 		 177 aa  209  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  204  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  201  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  201  6e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  192  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  189  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  187  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  53.14 
 
 		 178 aa  187  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  50.84 
 
 		 177 aa  184  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001727  LSU ribosomal protein L6p (L9e)  50.85 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000194026  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  48.57 
 
 		 179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0075  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  181  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0536854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2159  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302064  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  180  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3621  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0403056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3729  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0348679 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3694  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0880192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3621  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000291027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03156  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000273178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0408  ribosomal protein L6 signature 1  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000001181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0408  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000304254  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3690  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170909  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03107  hypothetical protein  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000133235  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3788  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000156973  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4628  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000296835  normal  0.936677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3600  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00731053  normal  0.0167726 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3499  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000406274  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 175 aa  180  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0099  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 178 aa  179  2e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.492804  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 179 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0298  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000138851  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0598  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000013887  normal  0.735029 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3792  50S ribosomal protein L6  46.89 
 
 		 177 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.274379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3899  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139368  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  177  5.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0335  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  177  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000240759  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  50.29 
 
 		 178 aa  177  5.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0641  50S ribosomal protein L6  46.29 
 
 		 179 aa  177  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000903619  hitchhiker  0.0000000381043 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  177  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 176 aa  177  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 178 aa  177  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0338  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000132809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0420  50S ribosomal protein L6  46.89 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00669543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  48.02 
 
 		 177 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0504  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00191336  hitchhiker  0.0041563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  177  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3736  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000312741  decreased coverage  0.00108821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>