More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0565 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  352  2e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  79.66 
 
 		 177 aa  288  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  254  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  244  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  243  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  242  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 		 177 aa  241  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  240  6e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  240  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  63.84 
 
 		 177 aa  240  7.999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  66.67 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  234  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  231  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  231  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  229  1e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  227  8e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  224  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  60.45 
 
 		 177 aa  224  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  220  8e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  218  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  217  7e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  216  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  208  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  205  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  204  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  204  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  196  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5055  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  193  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0037225  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0616  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  192  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  52.57 
 
 		 178 aa  191  3e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000282439  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0396  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0491976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0388  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000757352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  189  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0492  ribosomal protein L6  52.57 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.187085  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  48.59 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  52 
 
 		 179 aa  187  5.999999999999999e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0099  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 		 178 aa  186  1e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.492804  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 176 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  50 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1037  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000958163  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1860  50S ribosomal protein L6  52 
 
 		 178 aa  184  4e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1689  50S ribosomal protein L6  52 
 
 		 178 aa  184  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.267616  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  47.43 
 
 		 178 aa  184  7e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 175 aa  184  7e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2673  50S ribosomal protein L6  47.43 
 
 		 178 aa  184  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3890  50S ribosomal protein L6  51.7 
 
 		 179 aa  184  8e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 176 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2066  50S ribosomal protein L6  52 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3717  50S ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04130  LSU ribosomal protein L6P  51.7 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29590  LSU ribosomal protein L6P  48.86 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.775265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0602  ribosomal protein L6  48.86 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.273648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2961  50S ribosomal protein L6  46.86 
 
 		 178 aa  182  3e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0239512  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  51.12 
 
 		 178 aa  181  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  51.69 
 
 		 176 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16641  50S ribosomal protein L6  53.71 
 
 		 179 aa  181  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  181  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 175 aa  181  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  50.86 
 
 		 179 aa  181  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000776648  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  50.57 
 
 		 175 aa  180  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6034  50S ribosomal protein L6  48 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  48.59 
 
 		 176 aa  179  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0642  ribosomal protein L6  48.57 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0688878  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0705  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 182 aa  179  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000289089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1241  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138167  hitchhiker  0.000825354 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1047  50S ribosomal protein L6  51.14 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000313329  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 174 aa  179  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>