More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1001 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  353  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  92.09 
 
 		 177 aa  334  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  89.83 
 
 		 177 aa  326  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  88.7 
 
 		 177 aa  323  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  80.79 
 
 		 177 aa  285  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  79.1 
 
 		 177 aa  283  8e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 		 177 aa  281  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 		 177 aa  281  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 		 177 aa  273  8e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  253  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  68.93 
 
 		 177 aa  244  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  241  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  240  6e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  64.97 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  238  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  238  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  236  9e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  234  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  234  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  234  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  232  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  231  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  225  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  220  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  60.45 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  219  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  217  8.999999999999998e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  214  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  201  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  201  6e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  197  5e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  197  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  192  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 177 aa  190  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2163  ribosomal protein L6  53.14 
 
 		 179 aa  190  9e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0225942  normal  0.802348 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  190  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  51.43 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000282439  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0642  ribosomal protein L6  54.29 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0688878  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  52.84 
 
 		 175 aa  186  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29590  LSU ribosomal protein L6P  55.11 
 
 		 179 aa  186  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.775265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  53.71 
 
 		 179 aa  186  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2673  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 		 178 aa  186  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0602  ribosomal protein L6  54.55 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.273648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  185  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09850  LSU ribosomal protein L6P  49.71 
 
 		 180 aa  184  4e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.012035  hitchhiker  0.0000169605 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  184  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  52 
 
 		 178 aa  184  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 176 aa  184  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2961  50S ribosomal protein L6  52.57 
 
 		 178 aa  184  7e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0239512  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  184  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  51.7 
 
 		 175 aa  184  8e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  52 
 
 		 179 aa  183  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000776648  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  50.57 
 
 		 179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04130  LSU ribosomal protein L6P  51.14 
 
 		 179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3629  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000298442  hitchhiker  0.0000000000176204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1355  ribosomal protein L6  50 
 
 		 177 aa  182  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0771  50S ribosomal protein L6  52.84 
 
 		 174 aa  181  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.787291  normal  0.0130716 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23650  LSU ribosomal protein L6P  52.54 
 
 		 180 aa  181  4.0000000000000006e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.291924  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10733  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 179 aa  181  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0858871  normal  0.777005 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0782  ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000462697  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  181  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0703  ribosomal protein L6  52.27 
 
 		 179 aa  181  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1146  ribosomal protein L6  55.43 
 
 		 178 aa  180  8.000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000104709  hitchhiker  0.00466337 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  49.14 
 
 		 178 aa  180  9.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1030  50S ribosomal protein L6  52.84 
 
 		 179 aa  180  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000375476  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1059  50S ribosomal protein L6  52.84 
 
 		 179 aa  180  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.000000526273  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1047  50S ribosomal protein L6  52.84 
 
 		 179 aa  180  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000313329  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 179 aa  180  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0335  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000240759  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3402  ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 179 aa  180  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.587157  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0413  ribosomal protein L6  53.98 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1081  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 179 aa  178  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.253024  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1337  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 179 aa  178  4e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000514634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>