More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0002 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  100 
 
 		 374 aa  766    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  70.59 
 
 		 374 aa  568  1e-161  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  70.59 
 
 		 378 aa  565  1e-160  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  68.18 
 
 		 374 aa  541  1e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  65.51 
 
 		 376 aa  521  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.36 
 
 		 375 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.42 
 
 		 374 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.75 
 
 		 379 aa  208  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  31.84 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 379 aa  183  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  31.15 
 
 		 372 aa  180  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  31.16 
 
 		 362 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  31.98 
 
 		 372 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  29.32 
 
 		 374 aa  168  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 		 375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.23 
 
 		 375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.23 
 
 		 375 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.49 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  29.06 
 
 		 372 aa  133  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  25.53 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  29.18 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.41 
 
 		 373 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.25 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.83 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  29.83 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.82 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 373 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  25.82 
 
 		 367 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.78 
 
 		 366 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25.46 
 
 		 366 aa  126  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 		 372 aa  126  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.21 
 
 		 373 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.92 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  27.92 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.07 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.92 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.86 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  27.93 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.49 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.64 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.77 
 
 		 367 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  27.79 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 366 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 371 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.82 
 
 		 367 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.98 
 
 		 371 aa  123  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.15 
 
 		 367 aa  123  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.99 
 
 		 371 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  27.43 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  27.25 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.39 
 
 		 376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 		 371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  27.22 
 
 		 372 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.49 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.11 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.41 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  27.07 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  26.09 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.77 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 		 412 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 		 367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 		 367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.43 
 
 		 366 aa  115  7.999999999999999e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  24.4 
 
 		 366 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  27.22 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.62 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.78 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  27.87 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.55 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 		 385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>