More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1231 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  650    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  72.61 
 
 		 316 aa  472  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 314 aa  443  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  67.11 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  62.99 
 
 		 314 aa  418  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  62.34 
 
 		 314 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 336 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  62.34 
 
 		 316 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 317 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  58.44 
 
 		 329 aa  392  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  58.44 
 
 		 329 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  58.44 
 
 		 329 aa  365  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.36 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 312 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 326 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 322 aa  168  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.09 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.01 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 432 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.91 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.27 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.27 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  32.15 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.79 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.19 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.01 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 326 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>